 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3275 | 回復(fù): 9 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
風(fēng)吹葉123金蟲 (小有名氣)
|
[求助]
【求助】關(guān)于LAMMPS建模
|
|
|
各位版主、大神： 你們好。我想問幾個關(guān)于LAMMPS建模的基本問題。我知道可能有點(diǎn)簡單，但我真的是認(rèn)真查看過Manual中相關(guān)的命令說明之后，仍有一些疑問。我自己想了很久，也問過很多人，但是還是沒有解決。 命令來自一個很基礎(chǔ)的LAMMPS例子，該例子的全部命令如下： # Find minimum energy fcc configuration # Mark Tschopp, 2010 # ---------- Initialize Simulation --------------------- clear units metal dimension 3 boundary p p p atom_style atomic atom_modify map array # ---------- Create Atoms --------------------- lattice fcc 4 region box block 0 1 0 1 0 1 units lattice create_box 1 box lattice fcc 4 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1 create_atoms 1 box replicate 1 1 1 # ---------- Define Interatomic Potential --------------------- pair_style eam/alloy pair_coeff * * Al99.eam.alloy Al neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 10 check yes # ---------- Define Settings --------------------- compute eng all pe/atom compute eatoms all reduce sum c_eng # ---------- Run Minimization --------------------- reset_timestep 0 fix 1 all box/relax iso 0.0 vmax 0.001 thermo 10 thermo_style custom step pe lx ly lz press pxx pyy pzz c_eatoms min_style cg minimize 1e-25 1e-25 5000 10000 variable natoms equal "count(all)" variable teng equal "c_eatoms" variable length equal "lx" variable ecoh equal "v_teng/v_natoms" print "Total energy (eV) = ${teng};" print "Number of atoms = ${natoms};" print "Lattice constant (Angstoms) = ${length};" print "Cohesive energy (eV) = ${ecoh};" print "All done!" 我的問題是： （1）lattice fcc 4 和 lattice fcc 4 orient x 100 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1這兩句有什么區(qū)別？效果不是一樣的么？為什么在lattice fcc 4建立格子之后，還要有l(wèi)attice fcc 4 orient x 100 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1這句？意義何在？ （2）replicate 1 1 1這句不相當(dāng)于沒有復(fù)制么？為什么要寫這條命令呢？意義何在？ （3）如果我只想建模，不進(jìn)行任何計算，然后想在LAMMPS中導(dǎo)出該模型，最后在VMD中查看該模型。那么在整個代碼的最后一行需要添加一個怎樣的dump語句？（我查過手冊中的dump語句，也試過很多次自己寫，但是都不對。） 跪求各路大神幫助。小弟在此謝過！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
一志愿北化求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085601材料工程找調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
318一志愿吉林大學(xué)生物與醫(yī)藥 求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿雙一流機(jī)械285分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
332求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
一志愿鄭州大學(xué)，080500學(xué)碩，總分317分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿武漢理工，總分321，英一數(shù)二，求老師收留。
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
375求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
南京大學(xué)化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
070300化學(xué)354求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 求助lammps晶界建模如何保持box的周期性~~
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 求助LAMMPS關(guān)于MSD計算的問題
已經(jīng)有17人回復(fù)
- 請求高手關(guān)于ATK/VNL中分子建模的問題
已經(jīng)有11人回復(fù)
- MS建模問題求助
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 用MS建模導(dǎo)入LAMMPS計算，是不是不能用compass力場？
已經(jīng)有9人回復(fù)
- lammps求助：計算含有不同原子體系的熱導(dǎo)率的in文件該怎么修改
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 水分子建模方法
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 關(guān)于用Lammps模擬Cu熔點(diǎn)的例子問題
已經(jīng)有7人回復(fù)
- lammps里面的pair_coeff設(shè)置問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- lammps的時間步長問題
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 請教關(guān)于materials studio建模和OPLS力場
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 在LAMMPS中怎么建立圖示的模型
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【討論】想學(xué)lammps是否應(yīng)該先學(xué)習(xí)C++
已經(jīng)有28人回復(fù)
- 【求助】fedora中LAMMPS編譯問題
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【討論】編譯lammps時Makefile的修改問題
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】lammps如何測量模擬以后材料的晶格參數(shù)？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【討論】lammps中關(guān)于fix ave/spatial命令的輸出問題
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】lammps中多元化合物的晶格創(chuàng)建問題
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 【求助】將MS數(shù)據(jù)文件轉(zhuǎn)化成lammps data
已經(jīng)有25人回復(fù)
- 【求助】MS建模導(dǎo)入lammps問題求救
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 【求助】Lammps 多機(jī)并行的問題
已經(jīng)有11人回復(fù)
風(fēng)吹葉123
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 541.5
- 散金: 20
- 紅花: 10
- 帖子: 86
- 在線: 43.5小時
- 蟲號: 2662783
- 注冊: 2013-09-17
- 專業(yè): 機(jī)構(gòu)學(xué)與機(jī)器人
4樓2013-10-27 09:20:31
風(fēng)吹葉123
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 541.5
- 散金: 20
- 紅花: 10
- 帖子: 86
- 在線: 43.5小時
- 蟲號: 2662783
- 注冊: 2013-09-17
- 專業(yè): 機(jī)構(gòu)學(xué)與機(jī)器人
2樓2013-10-14 19:15:00
天道and酬勤
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 18 (小學(xué)生)
- 金幣: 14371.8
- 散金: 71
- 紅花: 11
- 帖子: 1469
- 在線: 111.3小時
- 蟲號: 1097985
- 注冊: 2010-09-13
- 專業(yè): 力學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
|
對于問題1：好好看看手冊，說的蠻詳細(xì)。The other 3 arguments are the crystallographic direction in the lattice that you want to orient along that axis, specified as integers. E.g. "orient x 2 1 0" means the x-axis in the simulation box will be the [210] lattice direction. 兩條命令有差別； 對于問題2：我覺得可以去掉； 對于問題3：dump 1 all atom 1 dump.lammpstrj 就可以了，其中的1不可以和其他的dump重復(fù)；1000為每多少步輸出一次，可以自己設(shè)定，看手冊就知道啥意思了。關(guān)鍵在于文件名后綴為lammpstrj。 PS：我沒仔細(xì)看你的程序，只是針對你的問題。你可以試下！ |
3樓2013-10-16 17:31:04
Ergon
金蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 9 (幼兒園)
- 金幣: 1332.5
- 散金: 220
- 紅花: 5
- 沙發(fā): 2
- 帖子: 1553
- 在線: 105.5小時
- 蟲號: 3295777
- 注冊: 2014-06-27
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
5樓2015-05-23 16:05:18
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 279求調(diào)劑 +4 | 蝶舞輕繞 2026-03-29 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 求調(diào)劑一志愿武漢理工大學(xué)材料工程（085601） +6 | WW.' 2026-03-23 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0856求調(diào)劑 +7 | 楒桉 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 本科雙非材料，跨考一志愿華電085801電氣，283求調(diào)劑，任何專業(yè)都可以 +6 | 芝士雪baoo 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +8 | 15188958825 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 317分 一志愿南理工材料工程 本科湖工大 求調(diào)劑 +7 | 芋泥小鈴鐺 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 315求調(diào)劑 +4 | akie... 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 085602 307分 求調(diào)劑 +7 | 不知道叫什么！ 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 085404求調(diào)劑，總分309，本科經(jīng)歷較為豐富 +4 | 來財aa 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑11408 +3 | 劉小鹿lu 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料與化工085600，總分304，本科有兩篇sci參與，求調(diào)劑 +10 | 幸運(yùn)的醬醬 2026-03-22 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 07化學(xué)280分求調(diào)劑 +10 | 722865 2026-03-23 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 287求調(diào)劑 +10 | land xuxu 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 劉柯@ 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑323材料與化工 +7 | 1124361 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 336材料求調(diào)劑 +7 | 陳瀅瑩 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 340求調(diào)劑 +3 | Amber00 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿哈工大，085400，320，求調(diào)劑 +4 | gdlf9999 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 化工專碩求調(diào)劑 +3 | question挽風(fēng) 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料專碩331求調(diào)劑 +4 | 鮮當(dāng)牛 2026-03-24 | 4/200 |
|