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29050801新蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
環(huán)狀肽鏈如何構(gòu)建拓?fù)湮募?
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請(qǐng)問(wèn)各位 在修改charmm的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的時(shí)候 怎么樣才能形成一個(gè)首尾連接的環(huán)狀結(jié)構(gòu)呢？ |
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2樓2013-10-19 14:07:18
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3樓2013-10-19 14:32:06
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4樓2013-10-22 09:49:47
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5樓2013-10-22 19:15:45
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6樓2013-10-25 10:26:56
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7樓2013-10-25 16:37:56
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月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-04-17 18:47:05
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樓主你好。 我也是用CHARMM力場(chǎng)做環(huán)糊精，和樓主遇到同樣的問(wèn)題，想知道樓主是怎么解決的 我在拓?fù)湮募袠?gòu)建了葡萄糖單體的殘基，用 PRES AL14 添加了連接的補(bǔ)丁后，只能將殘基1和2 2和3 3和4 4和5 5和6 6和7 連接起來(lái)，但是7和1沒(méi)有連起來(lái)，請(qǐng)問(wèn)怎么解決啊？ 期待得到回復(fù)！ 貼上連接部分的拓?fù)湮募?br /> PRES AL14 0.00 ! ! 1 refers to previous (O4 terminal) ! 2 refers to next (C1 terminal) BOND 1O4 2C1 ANGLE 2O5 2C1 1O4 ANGLE 2C1 1O4 1C4 DIHE 2C5 2O5 2C1 1O4 DIHE 2O5 2C1 1O4 1C4 DIHE 2C1 1O4 1C4 1C3 IC 2C5 2O5 2C1 1O4 0.0000 0.00 60.0 0.00 0.0000 IC 2O5 2C1 1O4 1C4 0.0000 0.00 120.0 0.00 0.0000 IC 2C1 1O4 1C4 1C3 0.0000 0.00 120.0 0.00 0.0000 |
8樓2014-04-17 12:18:18
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月只藍(lán): 金幣+5, 感謝分享研究成果！ 2014-04-19 14:34:45
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你這一問(wèn)問(wèn)得我也有點(diǎn)懵了 當(dāng)時(shí)做了連接起來(lái)了 但是力場(chǎng)一直沒(méi)弄好 后來(lái)又繼續(xù)做的結(jié)構(gòu)優(yōu)化 還好當(dāng)時(shí)連接起來(lái)之后寫(xiě)了下來(lái) 你可以看一下是不是一樣的問(wèn)題 http://blog.sina.com.cn/s/blog_6264e0aa0102ee1v.html 力場(chǎng)我還沒(méi)弄好的 有什么好的建議歡迎互相交流  |
9樓2014-04-18 08:34:23
Darren0220
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10樓2017-12-28 14:37:26
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