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[求助] 環(huán)狀肽鏈如何構(gòu)建拓?fù)湮募?

請(qǐng)問(wèn)各位
在修改charmm的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的時(shí)候
怎么樣才能形成一個(gè)首尾連接的環(huán)狀結(jié)構(gòu)呢？

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1樓 2013-10-17 09:00:35

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
29050801: 金幣+8, ★有幫助, 謝謝 2013-10-19 14:30:00

可以先畫(huà)一個(gè)直鏈的最后把尾巴連接起來(lái) 做一個(gè)能量?jī)?yōu)化它就拉過(guò)去了然后去做進(jìn)一步的md來(lái)優(yōu)化結(jié)構(gòu)

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2樓2013-10-19 14:07:18

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引用回帖:

2樓: Originally posted by yaozhq at 2013-10-19 14:07:18
可以先畫(huà)一個(gè)直鏈的最后把尾巴連接起來(lái) 做一個(gè)能量?jī)?yōu)化它就拉過(guò)去了然后去做進(jìn)一步的md來(lái)優(yōu)化結(jié)構(gòu)

好的
現(xiàn)在已經(jīng)連接起來(lái)了
請(qǐng)問(wèn)能量?jī)?yōu)化和namd的平衡過(guò)程有關(guān)系么？

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3樓2013-10-19 14:32:06

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3樓: Originally posted by 29050801 at 2013-10-19 14:32:06
好的
現(xiàn)在已經(jīng)連接起來(lái)了
請(qǐng)問(wèn)能量?jī)?yōu)化和namd的平衡過(guò)程有關(guān)系么？...

能量?jī)?yōu)化是對(duì)一個(gè)靜態(tài)結(jié)構(gòu)的優(yōu)化只是在現(xiàn)有條件下的微調(diào)
動(dòng)力學(xué)會(huì)在平衡后取得更大范圍的調(diào)整和平衡

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4樓2013-10-22 09:49:47

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4樓: Originally posted by yaozhq at 2013-10-22 09:49:47
能量?jī)?yōu)化是對(duì)一個(gè)靜態(tài)結(jié)構(gòu)的優(yōu)化只是在現(xiàn)有條件下的微調(diào)
動(dòng)力學(xué)會(huì)在平衡后取得更大范圍的調(diào)整和平衡...

現(xiàn)在力場(chǎng)參數(shù)文件當(dāng)中有一些新的二面角和角度的參數(shù)提示沒(méi)有
對(duì)于他們的數(shù)值
應(yīng)該怎么給定呢？
昨天隨便復(fù)制了一個(gè)二面角和角度的數(shù)值
能量?jī)?yōu)化之后，分子變形特別嚴(yán)重
RMSD也是上升趨勢(shì)
請(qǐng)問(wèn)，這樣的情況怎么處理呢？
謝謝！

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5樓2013-10-22 19:15:45

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月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-04-17 18:46:58

引用回帖:

5樓: Originally posted by 29050801 at 2013-10-22 19:15:45
現(xiàn)在力場(chǎng)參數(shù)文件當(dāng)中有一些新的二面角和角度的參數(shù)提示沒(méi)有
對(duì)于他們的數(shù)值
應(yīng)該怎么給定呢？
昨天隨便復(fù)制了一個(gè)二面角和角度的數(shù)值
能量?jī)?yōu)化之后，分子變形特別嚴(yán)重
RMSD也是上升趨勢(shì)
請(qǐng)問(wèn)，這樣的情況怎 ...

肯定不能隨便給了不過(guò)你這都是天然多肽么？怎么會(huì)沒(méi)參數(shù)？
如果不是的話那需要去補(bǔ)上這些參數(shù) 比較煩用amber做這種會(huì)方便些

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6樓2013-10-25 10:26:56

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6樓: Originally posted by yaozhq at 2013-10-25 10:26:56
肯定不能隨便給了不過(guò)你這都是天然多肽么？怎么會(huì)沒(méi)參數(shù)？
如果不是的話那需要去補(bǔ)上這些參數(shù) 比較煩用amber做這種會(huì)方便些...

不是天然肽
是環(huán)糊精，通過(guò)糖分子連接起來(lái)的�，F(xiàn)在就是缺少糖與糖之間C1-O-C4的鍵參數(shù)
現(xiàn)在用的是chrmm立場(chǎng)，我也想換了。我?guī)熜终f(shuō)別的立場(chǎng)里沒(méi)有糖分子的參數(shù)
加你一我用charmm修改
請(qǐng)問(wèn)修改的話，應(yīng)該怎么計(jì)算呢？

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7樓2013-10-25 16:37:56

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★
月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-04-17 18:47:05

引用回帖:

樓主你好。
我也是用CHARMM力場(chǎng)做環(huán)糊精，和樓主遇到同樣的問(wèn)題，想知道樓主是怎么解決的
我在拓?fù)湮募袠?gòu)建了葡萄糖單體的殘基，用 PRES AL14 添加了連接的補(bǔ)丁后，只能將殘基1和2 2和3 3和4 4和5 5和6  6和7 連接起來(lái)，但是7和1沒(méi)有連起來(lái)，請(qǐng)問(wèn)怎么解決��？
期待得到回復(fù)！

貼上連接部分的拓?fù)湮募?br />
PRES AL14    0.00    !
                                 ! 1 refers to previous (O4 terminal)
                                 ! 2 refers to next (C1 terminal)
BOND  1O4 2C1
ANGLE 2O5  2C1  1O4
ANGLE 2C1  1O4  1C4
DIHE  2C5  2O5  2C1  1O4
DIHE  2O5  2C1  1O4  1C4
DIHE  2C1  1O4  1C4  1C3
IC  2C5 2O5 2C1 1O4 0.0000 0.00 60.0    0.00 0.0000
IC  2O5 2C1 1O4 1C4 0.0000 0.00  120.0    0.00 0.0000
IC  2C1 1O4 1C4 1C3 0.0000 0.00  120.0    0.00 0.0000

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8樓2014-04-17 12:18:18

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月只藍(lán): 金幣+5, 感謝分享研究成果！ 2014-04-19 14:34:45

引用回帖:

8樓: Originally posted by 小兵ai石頭 at 2014-04-17 12:18:18
樓主你好。
我也是用CHARMM力場(chǎng)做環(huán)糊精，和樓主遇到同樣的問(wèn)題，想知道樓主是怎么解決的
我在拓?fù)湮募袠?gòu)建了葡萄糖單體的殘基，用 PRES AL14 添加了連接的補(bǔ)丁后，只能將殘基1和2 2和3 3和4 4和5 5和6 6和7 ...

你這一問(wèn)問(wèn)得我也有點(diǎn)懵了
當(dāng)時(shí)做了連接起來(lái)了
但是力場(chǎng)一直沒(méi)弄好

后來(lái)又繼續(xù)做的結(jié)構(gòu)優(yōu)化

還好當(dāng)時(shí)連接起來(lái)之后寫(xiě)了下來(lái)
你可以看一下是不是一樣的問(wèn)題
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6264e0aa0102ee1v.html

力場(chǎng)我還沒(méi)弄好的
有什么好的建議歡迎互相交流

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9樓2014-04-18 08:34:23

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Darren0220

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引用回帖:

9樓: Originally posted by 29050801 at 2014-04-18 08:34:23
你這一問(wèn)問(wèn)得我也有點(diǎn)懵了
當(dāng)時(shí)做了連接起來(lái)了
但是力場(chǎng)一直沒(méi)弄好

后來(lái)又繼續(xù)做的結(jié)構(gòu)優(yōu)化

還好當(dāng)時(shí)連接起來(lái)之后寫(xiě)了下來(lái)
你可以看一下是不是一樣的問(wèn)題
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6264e0aa0102e ...

請(qǐng)問(wèn)你們連接是怎么連接的呀，我想做的是谷氨酸的側(cè)鏈和鏈N末端形成一個(gè)肽鍵，我看一個(gè)回答是先在charmm 蛋白top中定義新的氨基酸，你們是這樣操作的嗎？

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10樓2017-12-28 14:37:26

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