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junjun0711新蟲 (小有名氣)
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[求助]
請(qǐng)教關(guān)于AUTODOCK做虛i擬篩選的問(wèn)題
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| 我是做藥理的，由于課題需要我想用AUTODOCK虛擬篩選下中藥的活性，是中藥的小分子物質(zhì)和蛋白靶點(diǎn)的對(duì)接，因?yàn)閷?shí)驗(yàn)條件太有限，我才選了免費(fèi)的AUTODOCK,自學(xué)了一個(gè)月吧，之前也沒(méi)什么了解，現(xiàn)在有同學(xué)和我說(shuō)用AUTODOCK會(huì)不準(zhǔn)，建議不用，哪位高手能給我解答一下，小妹感激不盡。 |
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7樓2013-10-18 16:13:00
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
junjun0711: 金幣+8 2013-10-18 16:15:59
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junjun0711: 金幣+8 2013-10-18 16:15:59
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小妹，“會(huì)不準(zhǔn)”這個(gè)是必然的：）不能因?yàn)闀?huì)不準(zhǔn)，你就不去做了！因?yàn)榭茖W(xué)研究本來(lái)就“會(huì)不準(zhǔn)”，是允許失敗和錯(cuò)誤產(chǎn)生的。 在做對(duì)接的時(shí)候，為了提高準(zhǔn)確率應(yīng)該提前做一些工作： 1、了解蛋白結(jié)構(gòu)，選擇合適的蛋白pdb。 2、把已知的蛋白抑制劑用來(lái)做對(duì)接，研究其可能的構(gòu)效關(guān)系。 ................ 當(dāng)然，對(duì)于對(duì)接結(jié)果的分析也是很重要的，具體的可以看這個(gè)帖子： 《關(guān)于對(duì)接結(jié)果評(píng)估的問(wèn)題》http://bioms.org/thread-841-1-1.html |
2樓2013-10-18 15:36:14
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3樓2013-10-18 15:52:14
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【答案】應(yīng)助回帖
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1、首先，你有個(gè)誤區(qū)：學(xué)術(shù)免費(fèi)軟件不如商業(yè)軟件準(zhǔn)確。 對(duì)于這點(diǎn)，我想說(shuō)：這是完全錯(cuò)誤的！很多商業(yè)軟件都是由學(xué)術(shù)軟件轉(zhuǎn)變過(guò)來(lái)的，它們只是做得更簡(jiǎn)單，讓用戶更容易使用！比如DS中的蛋白同源模建，使用的是學(xué)術(shù)免費(fèi)軟件Modeller，Schrodinger中的分子動(dòng)力學(xué)，則是使用的學(xué)術(shù)免費(fèi)軟件Desmond。 想反，對(duì)于Autodock的精度來(lái)說(shuō)，從眾多的文章可以看出，好于DS和sybyl的分子對(duì)接軟件！ 2、當(dāng)然，你可以使用不同的對(duì)接軟件和打分函數(shù)來(lái)評(píng)價(jià)下你的分子，“兼聽則明”。 |
4樓2013-10-18 16:00:08
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