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怎樣以Ref RMS來評價(jià)autodock對接方法的可靠性（重對接法）
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我用從下載下來的蛋白質(zhì)晶體復(fù)合物中摳出的小分子，用AUTODOCK向該蛋白質(zhì)上進(jìn)行重對接，來驗(yàn)證對接方法的好與壞，那么當(dāng)對接結(jié)果中的Ref RMS值小于多少時(shí)，結(jié)果可以接受，我的對接結(jié)果中，此值一直在1.53左右，這個(gè)結(jié)果正常嗎？ 另外，其中一個(gè)化合物A比另外一個(gè)化合物B的IC50值低，對酶的抑制力好（暫且認(rèn)為兩個(gè)化合物對同一受體的結(jié)合口袋基本相同，那么只有當(dāng)A的對接結(jié)果中的binding energy 比B的低，才能說明對接結(jié)果正常嗎？ |
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2樓2013-10-23 19:21:23
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3樓2013-10-23 19:24:10
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