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怎樣以Ref RMS來(lái)評(píng)價(jià)autodock對(duì)接方法的可靠性（重對(duì)接法）
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我用從下載下來(lái)的蛋白質(zhì)晶體復(fù)合物中摳出的小分子，用AUTODOCK向該蛋白質(zhì)上進(jìn)行重對(duì)接，來(lái)驗(yàn)證對(duì)接方法的好與壞，那么當(dāng)對(duì)接結(jié)果中的Ref RMS值小于多少時(shí)，結(jié)果可以接受，我的對(duì)接結(jié)果中，此值一直在1.53左右，這個(gè)結(jié)果正常嗎？ 另外，其中一個(gè)化合物A比另外一個(gè)化合物B的IC50值低，對(duì)酶的抑制力好（暫且認(rèn)為兩個(gè)化合物對(duì)同一受體的結(jié)合口袋基本相同，那么只有當(dāng)A的對(duì)接結(jié)果中的binding energy 比B的低，才能說(shuō)明對(duì)接結(jié)果正常嗎？ |
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| 在DS中的話是RMSD值＜1.0是最好的，實(shí)在沒(méi)辦法了1以上也可以將就，多次對(duì)接都穩(wěn)定在1.53的話說(shuō)明沒(méi)有巧合，這個(gè)對(duì)接算法就是這個(gè)水平啦，總而言之你這個(gè)結(jié)果也能用的不算離譜- -！~ |
2樓2013-10-23 19:21:23
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