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tianti_121新蟲 (小有名氣)
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[交流]
怎樣分析基因組序列？ 已有7人參與
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| 我們實(shí)驗(yàn)室對(duì)一株菌進(jìn)行了全基因組測序，現(xiàn)在全部序列已知，我想知道如何分析，看看里面都有些什么基因，從中找出適合下部試驗(yàn)的目的基因 |
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實(shí)際上預(yù)測真核基因的結(jié)構(gòu)有很多種預(yù)測方法和免費(fèi)的網(wǎng)站。 具體請參見： 薛慶中 等編著，DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具，科學(xué)出版社，2012，第三版，25-39，第2章 真核基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測，其中有GENSCAN（針對(duì)基因組ＤＮＡ序列預(yù)測可讀框和基因結(jié)構(gòu)）: http://genes.mit.edu/GENSCAN.html 的操作介紹，還有CpGplot（CpG島預(yù)測）: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html ,PromoterScan（啟動(dòng)子區(qū)域i預(yù)測）: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan 的介紹。也介紹了 用軟件CodonW 計(jì)算基因密碼子偏好性，CodonW 能夠在Windows系統(tǒng)下運(yùn)行，可以從http://codonw.sourcerforge.net 下載。 基因功能分類可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org 進(jìn)入界面后在基因功能數(shù)據(jù)庫中搜索目的基因可能的生物學(xué)功能，或者特定的生物學(xué)功能有哪些基因可能參與。還可以到 Genecards 數(shù)據(jù)庫去查詢 感興趣的基因的功能，Genecards http://www.genecards.org . 生物信息學(xué)參考書： 1.DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具(第二版)PDF http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121&fpage=1&target=blank 下載后即可閱讀。 2.DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具_(dá)(第三版） http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763&fpage=1&target=blank 下載后好像無法解壓，樓主試試看吧，至少“DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具(第二版)”肯定能夠用。 “DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具(第二版)”都是講的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫和生物信息學(xué)軟件的具體應(yīng)用，很容易看懂并且自己上手操作，不過沒有講述各種算法的原理。 如果要更深入學(xué)習(xí)生物信息學(xué)，建議學(xué)習(xí)： 1.Pierre Baldi etal.,Bioinformatics------the Machine Learning Approach,MIT press,2001,千萬不要看該書的翻譯版本，翻譯版爛的難以想象，翻譯版就連條件概率的公式的含義都不知道怎么解釋！下載：http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1038227&fpage=1&target=blank 2.M.Zvelebil ,J.O.Baum 著（2008），李亦學(xué)、郝沛 主譯，理解生物信息學(xué)，科學(xué)出版社，2012，這本書的英文原版，我還沒有見過，此書內(nèi)容豐富，解析詳細(xì)，但是讓人非常不爽的是全書所有的數(shù)據(jù)庫和軟件下載處均未在正文中給出具體網(wǎng)址，而是每章末的參考文獻(xiàn)中給出帶有具體網(wǎng)址的SCI文獻(xiàn)。 3.李霞、李亦學(xué) 主編，生物信息學(xué)學(xué)習(xí)指導(dǎo)與習(xí)題集，人民衛(wèi)生出版社，2011，現(xiàn)在大陸唯一的一本生物信息學(xué)習(xí)題解答，包括上機(jī)題目中不少也有文字版本的具體解答。 4.M.Michael Gromiha,Protein Bioinformatics:From Sequence to Function,Elsevier,2001. 意見僅供參考。 |
8樓2014-07-09 10:29:53
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