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1樓 2013-10-28 19:41:47

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virtualzx

木蟲 (著名寫手)

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【答案】應(yīng)助回帖

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zwmiracle: 金幣+3, ★★★很有幫助, 十分感謝！��！ 2013-10-29 11:33:27
identation: 金幣+1, 謝謝交流 2013-10-29 16:00:15

不建議在一個(gè)腳本里提交另一個(gè)任務(wù)，不便于任務(wù)管理。
建議用qsub的依賴關(guān)系選項(xiàng)
-W depend=afterany

任務(wù)號(hào)碼)
提交第二個(gè)任務(wù)，第二個(gè)任務(wù)提交后會(huì)處于hold狀態(tài)，在第一個(gè)任務(wù)成功完成時(shí)會(huì)自動(dòng)解除hold開始運(yùn)行

你也可以用afterok或者afternotok來在任務(wù)成功和失敗時(shí)自動(dòng)提交不同任務(wù)腳本

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2樓2013-10-29 10:18:24

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virtualzx

木蟲 (著名寫手)

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identation: 金幣+1, 謝謝交流 2013-10-30 16:00:28

引用回帖:

2樓: Originally posted by virtualzx at 2013-10-28 21:18:24
不建議在一個(gè)腳本里提交另一個(gè)任務(wù)，不便于任務(wù)管理。
建議用qsub的依賴關(guān)系選項(xiàng)
-W depend=afterany

任務(wù)號(hào)碼)
提交第二個(gè)任務(wù)，第二個(gè)任務(wù)提交后會(huì)處于hold狀態(tài)，在第一個(gè)任務(wù)成功完成時(shí)會(huì)自動(dòng)解除hold開始運(yùn) ...

當(dāng)然你也可以在第二個(gè)腳本里加上
#PBS -W depend=afterok: （第一個(gè)任務(wù)的index）
效果是一樣的

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3樓2013-10-29 10:23:32

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匿名

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identation: 金幣+1, 謝謝交流 2013-10-29 16:00:25

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4樓2013-10-29 11:32:40

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virtualzx

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【答案】應(yīng)助回帖

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引用回帖:

4樓: Originally posted by zwmiracle at 2013-10-28 22:32:40
我第一遍粗糙得到的CONTCAR文件怎么copy到新目錄里當(dāng)POSCAR��？

你的意思是：
第一個(gè)任務(wù)，照常；
第二個(gè)任務(wù)，也先提交，但是run.sh文件里要加上depend選項(xiàng)，等第一個(gè)完成之后自動(dòng)解除hold。

它怎么判斷第 ...

如果運(yùn)行完腳本正常終止的話pbs就認(rèn)為是正常終止；如果遇到異常錯(cuò)誤，超時(shí)或者你用exit語(yǔ)句返回非0返回值的話就是異常終止。拷貝可以在第一個(gè)腳本的末尾或第二個(gè)腳本的開頭進(jìn)行

-W 選項(xiàng)的好處是便于批量管理。舉個(gè)例子，比如這個(gè)腳本會(huì)提交運(yùn)行腳本run.sh一百遍依次運(yùn)行（要是有typo別打我）

#!/bin/bash
echo submitting initial run
JOBINDEX=`qsub run.sh`
echo Job index: $JOBINDEX
for x in `seq 2 100`
do
  echo submitting run $x
  JOBINDEX=`qsub -W depend=afterok:$JOBINDEX run.sh`
  echo job index: $JOBINDEX
done
exit 0

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5樓2013-10-29 12:53:41

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dxcharlary

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【答案】應(yīng)助回帖

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identation: 金幣+1, 謝謝交流 2013-10-30 16:00:42

在一個(gè)qsub的腳本里面是不能使用qsub命令的。
你只要把第二個(gè)腳本的內(nèi)容放到這個(gè)腳本里面就好了。
比如
1 #PBS -N  c
   2 #PBS -l nodes=1:ppn=1
   3 cd $PBS_O_WORKDIR
   4 cp $PBS_NODEFILE node
   5
   6 export P4_RSHCOMMAND=/usr/pbs/bin/pbs_remsh
   7 /usr/local/openmpi/bin/mpirun -np 1 -machinefile node /home/app/vasp528.om > output
   8
   9 cp $PBS_O_WORKDIR/CONTCAR $PBS_O_WORKDIR/accurate/POSCAR
   10 /usr/local/openmpi/bin/mpirun -np 1 -machinefile node /home/app/vasp528.om > output

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6樓2013-10-30 11:19:08

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zjh-111

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貌似這個(gè)要換目錄的樣子

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7樓2013-10-30 12:16:27

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ted1277

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你把你的第十行改成 sh autorun1.sh 試試

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hello,boy~

8樓2013-10-30 20:04:26

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