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如何在計(jì)算機(jī)群上安裝G09
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RT，我們實(shí)驗(yàn)室想在計(jì)算機(jī)群上裝G09，安裝方法和在單個(gè)計(jì)算機(jī)上有什么不同？具體怎么安裝的，linux系統(tǒng)，現(xiàn)在已經(jīng)有G03了，想同時(shí)存在G03和G09，請(qǐng)各位大俠指點(diǎn) [ Last edited by cenwanglai on 2012-2-12 at 16:51 ] |
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zhangguangping
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不知道樓主的G09軟件包是不是已經(jīng)編譯好的。就是說(shuō)解壓完了之后，主程序目錄里面有沒(méi)有exe的文件。估計(jì)你手里的一般是編譯好的。因?yàn)閾?jù)我所知，高斯對(duì)大陸是不賣(mài)源代碼的。 下面假設(shè)你手里是編譯好的G09,針對(duì)這種情況，安裝非常簡(jiǎn)單，直接將壓縮包解壓到你想放置的目錄里面，然后對(duì)目錄修改權(quán)限，注意，這一點(diǎn)非常重要，高斯只對(duì)所有者和所屬組權(quán)限開(kāi)放，如果對(duì)所有者和所屬組之外的用戶(hù)開(kāi)放，高斯是不運(yùn)行的。 鑒于你問(wèn)具體的命令，那么就說(shuō)一下具體的操作步驟： 1.拷貝g09的壓縮包文件到你想安裝且有權(quán)限的目錄下面，不論是不是root用戶(hù)，這個(gè)都無(wú)所謂。然后解壓壓縮包： 如果是tar結(jié)尾或者tar.gz結(jié)尾的壓縮包： tar zxvf g09.tar 如果是tar.bz2結(jié)尾的壓縮包： tar jxvf g09.tar.bz2 這個(gè)地方你可以試試，反正參數(shù)上就是一個(gè)z一個(gè)j的差別。前提是你的壓縮包在上傳的過(guò)程中沒(méi)有傳輸錯(cuò)誤。 2.修改解壓后的目錄的權(quán)限。假設(shè)解壓后目錄是g09 你可以通過(guò)命令ll看一下g09目錄的權(quán)限，既然你說(shuō)了，g03安裝好了，那么你就將g09解壓到g03所在的目錄就行。然后比照著g03的目錄權(quán)限,設(shè)置上。 chmod 750 g09 這樣就可以將g09目錄的權(quán)限設(shè)置好了。所有者和組外的用戶(hù)沒(méi)有權(quán)限了。 下一步就是將其所屬的組改為你現(xiàn)在的組，假設(shè)你的組是users, 運(yùn)行chgrp -R users g09 這個(gè)地方到底是users還是別的，你可以比照著g03的所屬組來(lái)，比如我ll之后 drwxr-x--- 5 root gaussian 4192 2009-08-30 06:32 g09 g09的所屬組是gaussian，所有屬于這個(gè)組的成員夠可以用g09. 3.做好上面這些基本就完成了。下面對(duì)用戶(hù)環(huán)境設(shè)置。你提到兩者同時(shí)能用，如果任務(wù)的提交不是基于PBS，一般不可能的。一個(gè)shell只能有一個(gè)高斯版本能用。當(dāng)然，除非你修改高斯環(huán)境設(shè)置的腳本，那樣的話(huà)就復(fù)雜多了，起碼我沒(méi)那樣做過(guò)。不過(guò)要想同時(shí)用兩種版本的高斯，你可以這樣解決。 將高斯環(huán)境設(shè)置的部分，不要寫(xiě)到你的環(huán)境變量文件里面去，而是分別寫(xiě)到兩個(gè)普通文件中去。想用哪個(gè)版本，就運(yùn)行一個(gè)哪個(gè)版本的變量設(shè)置文件，這樣就可以用了。如果想用另外一個(gè)版本，就另外啟動(dòng)一個(gè)shell，然后去運(yùn)行一下那個(gè)版本的變量設(shè)置文件。 例如： 高斯09的環(huán)境變量設(shè)置： # Gaussian09 # export g09root=/usr/local/software PATH=$g09root/g09:$PATH export PATH source $g09root/g09/bsd/g09.profile # # End of Gaussian09 存成G09文件，里面你需要修改的地方只是：/usr/local/software替換為你現(xiàn)在的g09所在的目錄，然后給這個(gè)文件添加上執(zhí)行屬性： chmod +x G09 高斯03的環(huán)境變量設(shè)置： # Gaussian03 # export g03root=/usr/local/software PATH=$g03root/g03:$PATH export PATH source $g03root/g03/bsd/g03.profile # # End of Gaussian03 存為G03文件，給這個(gè)文件添加上執(zhí)行屬性： chmod +x G09 修改的內(nèi)容同上。但是，你說(shuō)過(guò)你的g03是可以用的，說(shuō)明g03的環(huán)境變量已經(jīng)設(shè)置好了，如果是設(shè)置到了你的用戶(hù)環(huán)境變量文件去了，你需要從你的環(huán)境變量文件（~/.bashrc文件中）中將其去掉相應(yīng)的部分，如果是管理員給你設(shè)置到了所有用戶(hù)的環(huán)境變量文件（/etc/profile文件中），你可以利用命令 cat ~/.bashrc 和 cat /etc/profile 來(lái)檢查一下到底設(shè)置到了哪個(gè)文件中，如果是后者，需要管理員協(xié)助將其從那個(gè)文件中去掉g03的設(shè)置。如果是前者，那么自己來(lái)做就行了。 4.到此為止，所有設(shè)置完成了�？梢灾匦麻_(kāi)啟一個(gè)shell，去看看能不能用了。 首先進(jìn)入shell后先檢查一下g03,g09命令可用不（期望是不可用） which g03 which g09 如果沒(méi)有返回來(lái)一個(gè)具體的目錄地址，說(shuō)明兩個(gè)命令不可用。 如果你想用g03，到G03文件所在目錄執(zhí)行 ./G03 或者直接 /G03目錄的地址/G03 這個(gè)時(shí)候再which g03 就會(huì)給出g03的目錄地址了。 如果想用g09,那么重新開(kāi)一個(gè)shell，對(duì)G09做類(lèi)似于G03的操作即可。 如果你的任務(wù)作業(yè)是基于PBS提交任務(wù)，那么環(huán)境變量的設(shè)置就不用提前做了，可以在任務(wù)運(yùn)行的時(shí)候，有PBS腳本為你做這個(gè)，也就說(shuō)上面的兩個(gè)環(huán)境變量設(shè)置可以直接放到PBS任務(wù)腳本里面。這個(gè)時(shí)候環(huán)境參數(shù)的設(shè)置是針對(duì)于某一個(gè)任務(wù)的。 比如一個(gè)任務(wù)腳本是： #!/bin/sh #PBS -N Gaussian #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -l walltime=200:00:00 #PBS -q GAUSSIAN #PBS -j oe # Gaussian03 # export g03root=/usr/local/software PATH=$g03root/g03:$PATH export PATH source $g03root/g03/bsd/g03.profile # # End of Gaussian03 mkdir -p /tmp/$USER/$PBS_JOBID cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$USER/$PBS_JOBID cd /tmp/$USER/$PBS_JOBID g03 test.gjf cp -r /tmp/$USER/$PBS_JOBID/* $PBS_O_WORKDIR rm -rf /tmp/$USER/$PBS_JOBID 中添加上你想用的高斯版本的環(huán)境設(shè)置內(nèi)容，前面講的所有的環(huán)境設(shè)置都可以免了。 希望對(duì)你有幫助。 |
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woxiangfei
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4樓2012-02-09 11:19:01
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ben_ladeng(金幣+2): 謝謝提示啦 2012-02-14 12:12:08
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關(guān)于同時(shí)使用不同版本的Gaussian的詳細(xì)做法可以參考： http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4101506&fpage=1 |
6樓2012-02-12 16:26:01
woxiangfei
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Hi，你好，我是從網(wǎng)上下載了g09，設(shè)置好了環(huán)境變量，source了一下，可是我不知道該怎么寫(xiě)pbs腳本提交任務(wù)，你看我這樣寫(xiě)對(duì)不對(duì)： #!/bin/sh #PBS -q route #PBS -N job_name #PBS -o output #PBS -e error #PBS -l nodes=1:ppn=2 #PBS -l ncpus=2 #PBS -V cd $PBS_O_WORKDIR /home/hitqx/g09/g09 < caff.gjf | tee myoutput 謝謝啦 |
9樓2013-01-21 11:50:04
alystone
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10樓2014-09-03 09:10:15
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