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如何在計算機群上安裝G09
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RT，我們實驗室想在計算機群上裝G09，安裝方法和在單個計算機上有什么不同？具體怎么安裝的，linux系統(tǒng)，現(xiàn)在已經(jīng)有G03了，想同時存在G03和G09，請各位大俠指點 [ Last edited by cenwanglai on 2012-2-12 at 16:51 ] |
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zhangguangping
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【答案】應助回帖
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zzy870720z: 金幣+3, BB獎勵 2012-04-01 16:02:34
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不知道樓主的G09軟件包是不是已經(jīng)編譯好的。就是說解壓完了之后，主程序目錄里面有沒有exe的文件。估計你手里的一般是編譯好的。因為據(jù)我所知，高斯對大陸是不賣源代碼的。 下面假設你手里是編譯好的G09,針對這種情況，安裝非常簡單，直接將壓縮包解壓到你想放置的目錄里面，然后對目錄修改權限，注意，這一點非常重要，高斯只對所有者和所屬組權限開放，如果對所有者和所屬組之外的用戶開放，高斯是不運行的。 鑒于你問具體的命令，那么就說一下具體的操作步驟： 1.拷貝g09的壓縮包文件到你想安裝且有權限的目錄下面，不論是不是root用戶，這個都無所謂。然后解壓壓縮包： 如果是tar結尾或者tar.gz結尾的壓縮包： tar zxvf g09.tar 如果是tar.bz2結尾的壓縮包： tar jxvf g09.tar.bz2 這個地方你可以試試，反正參數(shù)上就是一個z一個j的差別。前提是你的壓縮包在上傳的過程中沒有傳輸錯誤。 2.修改解壓后的目錄的權限。假設解壓后目錄是g09 你可以通過命令ll看一下g09目錄的權限，既然你說了，g03安裝好了，那么你就將g09解壓到g03所在的目錄就行。然后比照著g03的目錄權限,設置上。 chmod 750 g09 這樣就可以將g09目錄的權限設置好了。所有者和組外的用戶沒有權限了。 下一步就是將其所屬的組改為你現(xiàn)在的組，假設你的組是users, 運行chgrp -R users g09 這個地方到底是users還是別的，你可以比照著g03的所屬組來，比如我ll之后 drwxr-x--- 5 root gaussian 4192 2009-08-30 06:32 g09 g09的所屬組是gaussian，所有屬于這個組的成員夠可以用g09. 3.做好上面這些基本就完成了。下面對用戶環(huán)境設置。你提到兩者同時能用，如果任務的提交不是基于PBS，一般不可能的。一個shell只能有一個高斯版本能用。當然，除非你修改高斯環(huán)境設置的腳本，那樣的話就復雜多了，起碼我沒那樣做過。不過要想同時用兩種版本的高斯，你可以這樣解決。 將高斯環(huán)境設置的部分，不要寫到你的環(huán)境變量文件里面去，而是分別寫到兩個普通文件中去。想用哪個版本，就運行一個哪個版本的變量設置文件，這樣就可以用了。如果想用另外一個版本，就另外啟動一個shell，然后去運行一下那個版本的變量設置文件。 例如： 高斯09的環(huán)境變量設置： # Gaussian09 # export g09root=/usr/local/software PATH=$g09root/g09:$PATH export PATH source $g09root/g09/bsd/g09.profile # # End of Gaussian09 存成G09文件，里面你需要修改的地方只是：/usr/local/software替換為你現(xiàn)在的g09所在的目錄，然后給這個文件添加上執(zhí)行屬性： chmod +x G09 高斯03的環(huán)境變量設置： # Gaussian03 # export g03root=/usr/local/software PATH=$g03root/g03:$PATH export PATH source $g03root/g03/bsd/g03.profile # # End of Gaussian03 存為G03文件，給這個文件添加上執(zhí)行屬性： chmod +x G09 修改的內容同上。但是，你說過你的g03是可以用的，說明g03的環(huán)境變量已經(jīng)設置好了，如果是設置到了你的用戶環(huán)境變量文件去了，你需要從你的環(huán)境變量文件（~/.bashrc文件中）中將其去掉相應的部分，如果是管理員給你設置到了所有用戶的環(huán)境變量文件（/etc/profile文件中），你可以利用命令 cat ~/.bashrc 和 cat /etc/profile 來檢查一下到底設置到了哪個文件中，如果是后者，需要管理員協(xié)助將其從那個文件中去掉g03的設置。如果是前者，那么自己來做就行了。 4.到此為止，所有設置完成了�？梢灾匦麻_啟一個shell，去看看能不能用了。 首先進入shell后先檢查一下g03,g09命令可用不（期望是不可用） which g03 which g09 如果沒有返回來一個具體的目錄地址，說明兩個命令不可用。 如果你想用g03，到G03文件所在目錄執(zhí)行 ./G03 或者直接 /G03目錄的地址/G03 這個時候再which g03 就會給出g03的目錄地址了。 如果想用g09,那么重新開一個shell，對G09做類似于G03的操作即可。 如果你的任務作業(yè)是基于PBS提交任務，那么環(huán)境變量的設置就不用提前做了，可以在任務運行的時候，有PBS腳本為你做這個，也就說上面的兩個環(huán)境變量設置可以直接放到PBS任務腳本里面。這個時候環(huán)境參數(shù)的設置是針對于某一個任務的。 比如一個任務腳本是： #!/bin/sh #PBS -N Gaussian #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -l walltime=200:00:00 #PBS -q GAUSSIAN #PBS -j oe # Gaussian03 # export g03root=/usr/local/software PATH=$g03root/g03:$PATH export PATH source $g03root/g03/bsd/g03.profile # # End of Gaussian03 mkdir -p /tmp/$USER/$PBS_JOBID cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$USER/$PBS_JOBID cd /tmp/$USER/$PBS_JOBID g03 test.gjf cp -r /tmp/$USER/$PBS_JOBID/* $PBS_O_WORKDIR rm -rf /tmp/$USER/$PBS_JOBID 中添加上你想用的高斯版本的環(huán)境設置內容，前面講的所有的環(huán)境設置都可以免了。 希望對你有幫助。 |
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woxiangfei
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ben_ladeng(金幣+2): 謝謝提示啦 2012-02-14 12:12:08
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關于同時使用不同版本的Gaussian的詳細做法可以參考： http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4101506&fpage=1 |
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