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中科院苦行僧

木蟲 (小有名氣)

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[求助] 初學(xué)TD-DFT計算一直出錯，求解

最近剛開始學(xué)者做TDDFT的計算，算了很多還一直出錯，很急，各位大神，給小子支支招：

TD-B3LYP

我是在基態(tài)B3LYP構(gòu)型的基礎(chǔ)上做TD計算的:輸入文件：

%nprocshared=8
%mem=4000MW
%chk=TDb3lypoptb.chk
#p b3lyp/6-311++g(d,p) td(nstate=6,singlets,root=1) pop=full opt freq

結(jié)果：
         (ROBERT BURNS 'TO A LOUSE')
Leave Link 9999 at Mon Oct 28 18:40:57 2013, MaxMem= 4194304000 cpu:    1.0
Job cpu time:  0 days  2 hours 48 minutes  4.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 107 Int=    0 D2E=    0 Chk=    17 Scr=    1
Normal termination of Gaussian 09 at Mon Oct 28 18:40:57 2013.
(Enter /public/grid_app//g09/l1.exe)
Link1:  Proceeding to internal job step number  2.
----------------------------------------------------------------------
#P Geom=AllCheck Guess=TCheck SCRF=Check GenChk RTD-B3LYP(FC)/6-311++G
(d,p) Freq
----------------------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
Check SCRF=Check GenChk RTD-B3LYP(FC)/6-
                     '
Last state="GCL"
TCursr= 1046 LCursr= 48
Error termination via Lnk1e in /public/grid_app//g09/l1.exe at Mon Oct 28 18:40:57 2013.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.4 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 107 Int=    0 D2E=    0 Chk=    17 Scr=    1

log文件件附件1

TD-mPW1PW91

同樣在基態(tài)mPWpw91的構(gòu)型上優(yōu)化S1太的構(gòu)型

輸入文件：

%nprocshared=8
%mem=4000MW
%chk=TDmPW1PW91OPtd.chk
#p mpw1pw91/6-311++g(d,p) td(nstate=6,singlets,root=1) pop=full opt freq

錯誤：

BE LIKE A POSTAGE STAMP.  STICK TO ONE THING UNTIL
YOU GET THERE -- JOSH BILLINGS
Leave Link 9999 at Mon Oct 28 18:22:01 2013, MaxMem= 4194304000 cpu:    0.8
Job cpu time:  0 days 15 hours 20 minutes  3.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 139 Int=    0 D2E=    0 Chk=    17 Scr=    1
Normal termination of Gaussian 09 at Mon Oct 28 18:22:01 2013.
(Enter /public/grid_app//g09/l1.exe)
Link1:  Proceeding to internal job step number  2.
----------------------------------------------------------------------
#P Geom=AllCheck Guess=TCheck SCRF=Check GenChk RTD-mPW1PW91(FC)/6-311
++G(d,p) Freq
----------------------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
Check SCRF=Check GenChk RTD-mPW1PW91(FC)
                     '
Last state="GCL"
TCursr= 1046 LCursr= 48
Error termination via Lnk1e in /public/grid_app//g09/l1.exe at Mon Oct 28 18:22:01 2013.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 139 Int=    0 D2E=    0 Chk=    17 Scr=    1
log文件件附件2

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附件 1 : TDb3lypoptd.log

2013-10-29 16:51:01, 3.6 M

附件 2 : TDmPW1PW91OPtd.log

2013-10-29 16:51:13, 4.03 M

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1樓 2013-10-29 16:51:29

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lishijunzong

鐵桿木蟲 (正式寫手)

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

出錯這一行寫的有問題，程序不認了。這樣還不如分開計算就行，再拿你算好的繼續(xù)算吧

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2樓2013-10-29 17:22:02

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槍下游魂

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gkf高: 金幣+2 2013-10-30 09:56:41

這個問題我覺得是高斯的bug，即在計算激發(fā)態(tài)時不能選擇opt+freq這種形式，必須分開計算。
一種方式是先做opt，再另寫文件讀入opt的chk文件算freq。
另一種方式是在同一個輸入文件里先做opt，再用--Link1--分隔后寫freq的輸入文件。

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3樓2013-10-30 06:46:51

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十五的月牙

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

反正我一般都是先優(yōu)化沒怎么出過錯

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4樓2013-10-30 09:48:23

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PowerPaul

木蟲 (初入文壇)

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

分開算吧。我之前也遇到過類似的問題，最后還是要分開算……

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Youcandoitwell.

5樓2013-10-30 15:24:49

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pq33714

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引用回帖:

5樓: Originally posted by PowerPaul at 2013-10-30 15:24:49
分開算吧。我之前也遇到過類似的問題，最后還是要分開算……

怎么分開算，我是新手，不知道優(yōu)化后怎么構(gòu)建輸入文件進行下一步了，求指教，謝謝！

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6樓2013-10-31 22:06:08

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pq33714

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引用回帖:

3樓: Originally posted by 槍下游魂 at 2013-10-30 06:46:51
這個問題我覺得是高斯的bug，即在計算激發(fā)態(tài)時不能選擇opt+freq這種形式，必須分開計算。
一種方式是先做opt，再另寫文件讀入opt的chk文件算freq。
另一種方式是在同一個輸入文件里先做opt，再用--Link1--分隔后寫 ...

用什么軟件讀入chk？

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7樓2013-10-31 22:14:59

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槍下游魂

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

7樓: Originally posted by pq33714 at 2013-10-31 22:14:59
用什么軟件讀入chk？...

在輸入文件里用%chk，如果這個chk文件存在，會先讀取里面的數(shù)據(jù)再覆蓋。

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8樓2013-11-01 06:35:54

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引用回帖:

6樓: Originally posted by pq33714 at 2013-10-31 22:06:08
怎么分開算，我是新手，不知道優(yōu)化后怎么構(gòu)建輸入文件進行下一步了，求指教，謝謝！...

我是分開算的成功了給你一個例子：

先算opt，構(gòu)型坐標是基態(tài)的B3LYP構(gòu)型，直接拿來用：
%nprocshared=8
%mem=2GB
%chk=ofscisS1-opt-tdb3lyp-normal.chk
#p opt td=(singlets,root=1) rb3lyp/6-311++g(d,p) nosymm

Title Card Required

0 1
C                -0.75352300 1.25521900 0.00019900
C                0.65389300 1.27483400 0.00067300
C                1.24110700 2.54686800 -0.00010000
C                0.51186600 3.72316300 -0.00114700
C                -0.87979000 3.66066100 -0.00149800
C                -1.51327000 2.41916900 -0.00088600
H                -1.25063400 0.29102400 0.00071200
H                1.04159900 4.66781500 -0.00165900
H                -1.45968600 4.57598800 -0.00234500
H                -2.59506200 2.35770800 -0.00121400
F                2.59451700 2.65688600 0.00028200
C                1.37927900 -0.00180500 0.00183500
H                0.71980600 -0.86684600 0.00247900
C                2.69847200 -0.22896200 0.00202900
H                3.43477800 0.56163100 0.00128300
H                3.06645500 -1.24845400 0.00279600

算完了用GV打開，在此構(gòu)型上寫寫freq的輸入文件：

%nprocshared=8
%mem=2GB
%chk=ofscisS1-freq-tdb3lyp-normal.chk
#p freq=noraman rb3lyp/6-311++g(d,p) nosymm

Title Card Required

0 1
C                -0.77498000 1.22967800 0.00022800
C                0.65928200 1.22086800 0.00058800
C                1.23473500 2.53609700 -0.00019200
C                0.50743800 3.75060400 -0.00122200
C                -0.89655900 3.70115100 -0.00152500
C                -1.51835000 2.43681700 -0.00079200
H                -1.29810200 0.28217900 0.00077000
H                1.06185500 4.67949100 -0.00174600
H                -1.48326200 4.60938000 -0.00230700
H                -2.60075100 2.37858400 -0.00101000
F                2.56779400 2.65735300 0.00005100
C                1.38001300 -0.00486700 0.00162900
H                0.73765800 -0.88244900 0.00207700
C                2.73711700 -0.23882800 0.00214600
H                3.47693300 0.54774300 0.00179800
H                3.09898600 -1.25890100 0.00294700

兩步計算完就OK了，實驗室的師兄說計算頻率時不是用TD，而是用基態(tài)的方法，這個也不知道為什么~~~

我準備驗證下用能不能用TD算S1的頻率。

關(guān)于CHk文件的讀入，我給個例子：
%nprocshared=8
%mem=1000MW
%chk=ofscisS1-opt-tdb3ltp.chk
#p opt td(singlets,root=1) B3lyp/6-311++g(d,p) nosymm geom=checkpoint

Title Card Required

0 1
  這里的構(gòu)型坐標是直接由geom=checkpoint給定的，還可以用其他的關(guān)鍵字，你可以查查相關(guān)的關(guān)鍵字。關(guān)鍵是提交計算的時候，你要把gif文件盒chk文件提交到一個任務(wù)上，且chk文獻的名稱必須是與屬于文件的%CHk文件的名稱相同，計算時服務(wù)器會先讀這個CHk文件，計算時會產(chǎn)生新的同名CHk文件覆蓋原有CHk文件

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回復(fù)此樓

beayardstickogquality

9樓2013-11-20 09:27:37

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