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中科院苦行僧木蟲 (小有名氣)
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[求助]
初學TD-DFT計算一直出錯，求解
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最近剛開始學者做TDDFT的計算，算了很多還一直出錯，很急，各位大神，給小子支支招： TD-B3LYP 我是在基態(tài)B3LYP構型的基礎上做TD計算的:輸入文件： %nprocshared=8 %mem=4000MW %chk=TDb3lypoptb.chk #p b3lyp/6-311++g(d,p) td(nstate=6,singlets,root=1) pop=full opt freq 結果： (ROBERT BURNS 'TO A LOUSE') Leave Link 9999 at Mon Oct 28 18:40:57 2013, MaxMem= 4194304000 cpu: 1.0 Job cpu time: 0 days 2 hours 48 minutes 4.3 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 107 Int= 0 D2E= 0 Chk= 17 Scr= 1 Normal termination of Gaussian 09 at Mon Oct 28 18:40:57 2013. (Enter /public/grid_app//g09/l1.exe) Link1: Proceeding to internal job step number 2. ---------------------------------------------------------------------- #P Geom=AllCheck Guess=TCheck SCRF=Check GenChk RTD-B3LYP(FC)/6-311++G (d,p) Freq ---------------------------------------------------------------------- QPErr --- A syntax error was detected in the input line. Check SCRF=Check GenChk RTD-B3LYP(FC)/6- ' Last state="GCL" TCursr= 1046 LCursr= 48 Error termination via Lnk1e in /public/grid_app//g09/l1.exe at Mon Oct 28 18:40:57 2013. Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.4 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 107 Int= 0 D2E= 0 Chk= 17 Scr= 1 log文件件附件1 TD-mPW1PW91 同樣在基態(tài)mPWpw91的構型上優(yōu)化S1太的構型 輸入文件： %nprocshared=8 %mem=4000MW %chk=TDmPW1PW91OPtd.chk #p mpw1pw91/6-311++g(d,p) td(nstate=6,singlets,root=1) pop=full opt freq 錯誤： BE LIKE A POSTAGE STAMP. STICK TO ONE THING UNTIL YOU GET THERE -- JOSH BILLINGS Leave Link 9999 at Mon Oct 28 18:22:01 2013, MaxMem= 4194304000 cpu: 0.8 Job cpu time: 0 days 15 hours 20 minutes 3.7 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 139 Int= 0 D2E= 0 Chk= 17 Scr= 1 Normal termination of Gaussian 09 at Mon Oct 28 18:22:01 2013. (Enter /public/grid_app//g09/l1.exe) Link1: Proceeding to internal job step number 2. ---------------------------------------------------------------------- #P Geom=AllCheck Guess=TCheck SCRF=Check GenChk RTD-mPW1PW91(FC)/6-311 ++G(d,p) Freq ---------------------------------------------------------------------- QPErr --- A syntax error was detected in the input line. Check SCRF=Check GenChk RTD-mPW1PW91(FC) ' Last state="GCL" TCursr= 1046 LCursr= 48 Error termination via Lnk1e in /public/grid_app//g09/l1.exe at Mon Oct 28 18:22:01 2013. Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.3 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 139 Int= 0 D2E= 0 Chk= 17 Scr= 1 log文件件附件2 |
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- 附件 2 : TDmPW1PW91OPtd.log
2013-10-29 16:51:01, 3.6 M
2013-10-29 16:51:13, 4.03 M
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我是分開算的 成功了 給你一個例子： 先算opt，構型坐標是基態(tài)的B3LYP構型，直接拿來用： %nprocshared=8 %mem=2GB %chk=ofscisS1-opt-tdb3lyp-normal.chk #p opt td=(singlets,root=1) rb3lyp/6-311++g(d,p) nosymm Title Card Required 0 1 C -0.75352300 1.25521900 0.00019900 C 0.65389300 1.27483400 0.00067300 C 1.24110700 2.54686800 -0.00010000 C 0.51186600 3.72316300 -0.00114700 C -0.87979000 3.66066100 -0.00149800 C -1.51327000 2.41916900 -0.00088600 H -1.25063400 0.29102400 0.00071200 H 1.04159900 4.66781500 -0.00165900 H -1.45968600 4.57598800 -0.00234500 H -2.59506200 2.35770800 -0.00121400 F 2.59451700 2.65688600 0.00028200 C 1.37927900 -0.00180500 0.00183500 H 0.71980600 -0.86684600 0.00247900 C 2.69847200 -0.22896200 0.00202900 H 3.43477800 0.56163100 0.00128300 H 3.06645500 -1.24845400 0.00279600 算完了用GV打開，在此構型上寫寫freq的輸入文件： %nprocshared=8 %mem=2GB %chk=ofscisS1-freq-tdb3lyp-normal.chk #p freq=noraman rb3lyp/6-311++g(d,p) nosymm Title Card Required 0 1 C -0.77498000 1.22967800 0.00022800 C 0.65928200 1.22086800 0.00058800 C 1.23473500 2.53609700 -0.00019200 C 0.50743800 3.75060400 -0.00122200 C -0.89655900 3.70115100 -0.00152500 C -1.51835000 2.43681700 -0.00079200 H -1.29810200 0.28217900 0.00077000 H 1.06185500 4.67949100 -0.00174600 H -1.48326200 4.60938000 -0.00230700 H -2.60075100 2.37858400 -0.00101000 F 2.56779400 2.65735300 0.00005100 C 1.38001300 -0.00486700 0.00162900 H 0.73765800 -0.88244900 0.00207700 C 2.73711700 -0.23882800 0.00214600 H 3.47693300 0.54774300 0.00179800 H 3.09898600 -1.25890100 0.00294700 兩步計算完就OK了，實驗室的師兄說計算頻率時不是用TD，而是用基態(tài)的方法，這個也不知道為什么~~~ 我準備驗證下用能不能用TD算S1的頻率。 關于CHk文件的讀入，我給個例子： %nprocshared=8 %mem=1000MW %chk=ofscisS1-opt-tdb3ltp.chk #p opt td(singlets,root=1) B3lyp/6-311++g(d,p) nosymm geom=checkpoint Title Card Required 0 1 這里的構型坐標是直接由geom=checkpoint給定的，還可以用其他的關鍵字，你可以查查相關的關鍵字。關鍵是提交計算的時候，你要把gif文件盒chk文件提交到一個任務上，且chk文獻的名稱必須是與屬于文件的%CHk文件的名稱相同，計算時服務器會先讀這個CHk文件，計算時會產(chǎn)生新的同名CHk文件覆蓋原有CHk文件 |
9樓2013-11-20 09:27:37
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