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monsoncupid金蟲 (小有名氣)
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[求助]
DS 2.5.0 操作問題
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| 我對接后準備做一個protein+ligand 的復合物的分子動力學模擬，但是有一個問題，兩個分子總是不能complex在一起，直接用鼠標把最佳結果小分子拖進蛋白的鏈中，然后右鍵attribute發(fā)現(xiàn)小分子沒有Avg.isotropic displayment，我一直懷疑是這個原因我的動力學跑不下去了，但是請別人幫忙試運行的話都成功了，他們用的是DS3.5，我要是分部運行動力學模擬的話總是到heating那步就失敗了，絕望的卡在這一步了！求大神解惑呀- -！必有厚報~ |
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| 首先要確定你的ligand+protein的復合物得到的構象是合理的，也就是說，這個必須是經(jīng)過某些對接軟件計算，得到的結果。在這個前提下得到的復合物結構，需要用視圖軟件對其結構的完整性進行確認。不清楚你做MD是用什么軟件做的，heating這一步卡這算不下去了，個人感覺很有可能是你在對這個復合物體系的拓撲文件和坐標文件創(chuàng)建的時候，拓撲或者坐標文件不完整。建議你好好查看一下拓撲和坐標文件（如果有的話），確定其完整正確性，然后再進行動力學模擬。另，在DS中，如果想手動把一個小分子（ligand）與protein進行merged的話，需要在描述分子體系信息中的地方（分子3D窗口左列）把ligand手動拖放到protein中，這樣在保存成復合物結構（如，pdb文件等）應該就是你說的“complex”一起的結構了。 |
2樓2013-10-31 09:49:29
monsoncupid
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送紅花一朵 |
1、應該是合理的，我是用DS進行CDocker對接后得到的最佳結果。 2、我是用DS 2.5做的MD，坐標是有的，但是拓撲文件應該怎么查呢？ 3、我在手動拖進去了，merge不上，或者說雖然在一起了，但是沒有那個Avg.isotropic displayment那個值啊，這不科學啊，除了拖動有沒有更高端的方法��？ 4、我本身對heating那一步做了好多調整，排除了加熱過快minimization不充分的情況，應該就是input 文件本身的問題 5、我給你截下我的ligand attribute的圖，請您務必幫我看下，拜托了 這是PDB數(shù)據(jù)庫中complex的文件ligand的attributes.png 這是別人幫忙用3.5做的時候ligand多出來這么一個值.png 這是我手動拖進去的ligand attributes.png |
3樓2013-10-31 12:08:52
wangyan10
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monsoncupid: 金幣+50, ★★★★★最佳答案, 看來是沒有人回答了 2013-11-01 17:01:41
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| 首先明確一點，如果你手頭沒有更好的做MD的選擇的話，那也就只能用DS的MD模塊就行模擬了。你這個是DS2.5的版本，這個版本和后續(xù)版本相比（3.5和4.0）MD部分還是很粗糙的。我所說的坐標和拓撲文件，是一些專業(yè)動力學軟件進行模擬時所必須的（如ABMER, GROMACS, NAMD等）。建議你用GROMACS進行一下動力學模擬，那個還是比較容易上手的。因為沒用過DS2.5進行過動力學模擬，所以你說描述的問題我還是不清楚問題出在哪。相對來說，DS在做其他方面，比如藥效團，比如定量活性結構關系等，還是很專業(yè)的，用2.5版本來做動力學，一則是速度不怎么快，二則是出錯了不好分析。在提供圖形界面簡化操作的同時，以此為犧牲代價的是，MD出錯之后不容易找出錯誤原因。弄臺linux機器，裝個GROMACS進行MD模擬吧，速度比這個快很多，而且還是免費的。 |
4樓2013-10-31 13:49:08
monsoncupid
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5樓2013-10-31 19:13:38
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