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monsoncupid金蟲 (小有名氣)
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[求助]
DS 2.5.0 操作問題
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| 我對接后準(zhǔn)備做一個protein+ligand 的復(fù)合物的分子動力學(xué)模擬，但是有一個問題，兩個分子總是不能complex在一起，直接用鼠標(biāo)把最佳結(jié)果小分子拖進蛋白的鏈中，然后右鍵attribute發(fā)現(xiàn)小分子沒有Avg.isotropic displayment，我一直懷疑是這個原因我的動力學(xué)跑不下去了，但是請別人幫忙試運行的話都成功了，他們用的是DS3.5，我要是分部運行動力學(xué)模擬的話總是到heating那步就失敗了，絕望的卡在這一步了！求大神解惑呀- -！必有厚報~ |
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monsoncupid
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5樓2013-10-31 19:13:38
wangyan10
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| 首先要確定你的ligand+protein的復(fù)合物得到的構(gòu)象是合理的，也就是說，這個必須是經(jīng)過某些對接軟件計算，得到的結(jié)果。在這個前提下得到的復(fù)合物結(jié)構(gòu)，需要用視圖軟件對其結(jié)構(gòu)的完整性進行確認(rèn)。不清楚你做MD是用什么軟件做的，heating這一步卡這算不下去了，個人感覺很有可能是你在對這個復(fù)合物體系的拓撲文件和坐標(biāo)文件創(chuàng)建的時候，拓撲或者坐標(biāo)文件不完整。建議你好好查看一下拓撲和坐標(biāo)文件（如果有的話），確定其完整正確性，然后再進行動力學(xué)模擬。另，在DS中，如果想手動把一個小分子（ligand）與protein進行merged的話，需要在描述分子體系信息中的地方（分子3D窗口左列）把ligand手動拖放到protein中，這樣在保存成復(fù)合物結(jié)構(gòu)（如，pdb文件等）應(yīng)該就是你說的“complex”一起的結(jié)構(gòu)了。 |
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2樓2013-10-31 09:49:29
monsoncupid
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送紅花一朵 |
1、應(yīng)該是合理的，我是用DS進行CDocker對接后得到的最佳結(jié)果。 2、我是用DS 2.5做的MD，坐標(biāo)是有的，但是拓撲文件應(yīng)該怎么查呢？ 3、我在手動拖進去了，merge不上，或者說雖然在一起了，但是沒有那個Avg.isotropic displayment那個值啊，這不科學(xué)啊，除了拖動有沒有更高端的方法��？ 4、我本身對heating那一步做了好多調(diào)整，排除了加熱過快minimization不充分的情況，應(yīng)該就是input 文件本身的問題 5、我給你截下我的ligand attribute的圖，請您務(wù)必幫我看下，拜托了 這是PDB數(shù)據(jù)庫中complex的文件ligand的attributes.png 這是別人幫忙用3.5做的時候ligand多出來這么一個值.png 這是我手動拖進去的ligand attributes.png |
3樓2013-10-31 12:08:52
wangyan10
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monsoncupid: 金幣+50, ★★★★★最佳答案, 看來是沒有人回答了 2013-11-01 17:01:41
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| 首先明確一點，如果你手頭沒有更好的做MD的選擇的話，那也就只能用DS的MD模塊就行模擬了。你這個是DS2.5的版本，這個版本和后續(xù)版本相比（3.5和4.0）MD部分還是很粗糙的。我所說的坐標(biāo)和拓撲文件，是一些專業(yè)動力學(xué)軟件進行模擬時所必須的（如ABMER, GROMACS, NAMD等）。建議你用GROMACS進行一下動力學(xué)模擬，那個還是比較容易上手的。因為沒用過DS2.5進行過動力學(xué)模擬，所以你說描述的問題我還是不清楚問題出在哪。相對來說，DS在做其他方面，比如藥效團，比如定量活性結(jié)構(gòu)關(guān)系等，還是很專業(yè)的，用2.5版本來做動力學(xué)，一則是速度不怎么快，二則是出錯了不好分析。在提供圖形界面簡化操作的同時，以此為犧牲代價的是，MD出錯之后不容易找出錯誤原因。弄臺linux機器，裝個GROMACS進行MD模擬吧，速度比這個快很多，而且還是免費的。 |
4樓2013-10-31 13:49:08
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