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鄧芳木蟲 (小有名氣)
木蟲
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[求助]
高斯優(yōu)化問題和gromacs小分子的tip文件中的電荷修改問題
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請教你一個問題：我的小分子mol2格式，如圖一所示：但用高斯優(yōu)化后就變成如圖二所示，c-n鍵發(fā)生了變化，請問大神這種問題怎么解決？我想用高斯優(yōu)化后的電荷來代替在線生成的tip文件中的電荷，但化學(xué)鍵發(fā)生了變化，電荷應(yīng)該有點問題，所以沒辦法往下進行了。還有一個問題是：高斯優(yōu)化后的log文件中的電荷，要么是全氫，要么是沒有氫，而在線生成的tip文件中的氫原子是部分氫，怎樣才能實現(xiàn)對應(yīng)的替換？關(guān)于電荷修改問題一篇文獻中介紹過了，但沒看太明白，想通過高斯進行解決，希望盡快得到大家的幫助，讓實驗盡快進行下去，非常感謝！ 1.jpg 2.jpg |
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