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[求助]
CF3COOH（介電常數(shù)為：8.55）作溶劑，計算分子溶劑化能的詳細輸入文件！��！
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請教各位大神，高斯中沒有的溶劑化模型如何建立？以CF3COOH(介電常數(shù) 8.55）為溶劑，計算一個分子的溶劑化能，急求該計算的詳細輸入文件！ 情況緊急，還望各位不吝賜教！不勝感激�。。� |
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 計算 | gaussian |
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9樓2013-11-15 08:20:34
槍下游魂
木蟲 (著名寫手)
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- 專業(yè): 理論和計算化學
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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http://www.gaoyang168.com/html/201302/5536617.html 這里有講。 以下節(jié)選自高斯09說明書： PCM計算的附加關(guān)鍵詞 PCM SCRF計算可以指定附加的輸入關(guān)鍵詞。它們位于獨立的輸入部分，像往常一樣用空行結(jié)束，如這個例子： # B3LYP/6-31G(d) 5D SCRF(SMD,Solvent=Generic,PCM=Read) Water, solvation by methanol, re-defined as generic solvent. 0 1 O H,1,0.94 H,1,0.94,2,104.5 stoichiometry=C1H4O1 PCM關(guān)鍵詞的輸入部分 solventname=methanol eps=32.63 epsinf=1.758 … PCM輸入的結(jié)束空行 可以用以下關(guān)鍵詞控制 PCM 計算（有關(guān)的項目分組排列）： 定義溶劑參數(shù) PCM 計算所用的溶劑通�？梢杂肧CRF 關(guān)鍵詞的常規(guī)選項Solvent 指定�？梢杂孟旅� 的關(guān)鍵詞覆蓋一些已知溶劑的默認值： EPS=x 指定溶劑的靜態(tài)（或零頻）介電常數(shù)。 EPSINF=x 指定溶劑的動態(tài)（或光學）介電常數(shù)。 RSOLV=x 指定溶劑半徑（單位：埃）。只用于AddSph 或Surface=SAS。 未指定的參數(shù)默認為Solvent選項所指定溶劑（默認是水）的值。 這兩種說法矛盾的地方就是一個是直接用read，一個是用pcm=read，孰對孰錯自己嘗試吧。 |
2樓2013-11-11 06:44:46
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再請教幾個問題： 1. 關(guān)鍵詞命令行：# B3LYP/6-31G(d) 5D SCRF(SMD,Solvent=Generic,PCM=Read) 中的"5D" 是什么意思啊? 2.如果含有: stoichiometry=C1H4O1 solventname=methanol 計算報錯,去掉則可以正常運算,不知是何原因? 3.即使按照該輸入文件計算,能夠在out 文件中看到我建立的新的溶劑模型，但沒有計算結(jié)果，也就是沒有我要的溶劑的相關(guān)一些列能量值（氣相，極性溶劑極性溶質(zhì)能量，總?cè)芤耗芰�，溶劑自由能，溶劑化�?.) 見附件：H2O-ch3oh.gjf 和 H2O-ch3oh.out 4.針對上一個問題，我在命令行加入了關(guān)鍵詞：ExternalIteration,DoVacuum" 貌似可以得到全部的結(jié)果，不知是否可靠？ 見附件：H2O-ch3oh-3.gjf 和 H2O-ch3oh-3.out |
3樓2013-11-11 16:45:29
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- 附件 3 : H2O-ch3oh.out
- 附件 4 : H2O-ch3oh-3.gjf
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4樓2013-11-11 16:54:07
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