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amytaotao

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專業(yè): 物理化學(xué)

[求助] nbo計(jì)算出來C原子有孤對電子怎么回事

用NBO計(jì)算了兩個(gè)過渡態(tài)ts1a和ts1b的二級(jí)微擾相互作用，如附件中圖所示，ts1a中，最穩(wěn)定的二級(jí)作用是C5的孤對電子離域到N45=N44的π*軌道上，而ts1b中最穩(wěn)定的二級(jí)相互作用是C6的孤對電子離域到C3=C4的π*軌道。感覺很奇怪，C原子怎么會(huì)有孤對電子呢？審稿人也對此提了疑問。下面是審稿人的一段話：When results of the NBO analysis are discussed, lone electron pairs at the C5 and C6 atoms in TS1a and TS1b are indicated. This is a bit strange, at least for experimentalists, that a carbon atom in the sp2/sp3 hybrid state has a lone electron pair. May be the NBO analysis failed to find automatically the most stable resonance structure? I recommend to repeat the NBO calculations setting manually the intuitively most stable resonance structures without the lone electron pairs at the C atoms and then to compare results. 求大家意見該怎么辦才好。
我查看了NBO的手冊，想用choose試試，結(jié)果不知道為啥跟不加choose一模一樣，請大家?guī)臀铱纯摧斎胛募欠裼姓`，輸入文件如下：
%nprocshared=16
%nosave
%mem=12GB
%chk=ts1b.chk
# ub3lyp/6-31g(d) pop=(savenbo,nboread)

Title Card Required

0 1
C                -1.65759800 4.16030600 -1.05909800
C                -1.76849000 2.83983200 -1.21181500
C                1.25887400 0.40308300 0.90504800
C                2.37067500 0.28987600 0.14290300
C                3.96231000 0.10420300 1.14060600
*****繼續(xù)原子坐標(biāo)
空格行
$CHOOSE
LONE  5 45 44 END
BOND  D 5 45  D 45 44  D 6 4  D 4 3  END
NOBOND 4 5  END
$NBO BNDIDX
$END

ts1a.jpg

ts1b.jpg

[ Last edited by amytaotao on 2013-11-12 at 10:32 ]

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1樓 2013-11-12 09:59:25

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