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tim562944200金蟲 (小有名氣)
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MS建模msi2lmp轉化得到data文件,一些疑問
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用MS建模后用msi2lmp工具轉化得到了lammps 的data文件,產生了一些疑問,data文件中顯示了 3 atom types 4 bond types 7 angle types 7 dihedral types 然后下邊有這些的具體參數, Pair Coeffs 1 0.0389999952 3.8754094636 2 0.0389999952 3.8754094636 3 0.0380000011 2.4499714540 Bond Coeffs 1 322.7158 1.5260 2 340.6175 1.1050 3 340.6175 1.1050 4 322.7158 1.5260 Angle Coeffs 1 44.4000 110.0000 2 39.5000 106.4000 3 44.4000 110.0000 4 46.6000 110.5000 5 39.5000 106.4000 6 44.4000 110.0000 7 46.6000 110.5000 Dihedral Coeffs 1 0.1581 1 3 2 0.1581 1 3 3 0.1581 1 3 4 0.1581 1 3 5 0.1581 1 3 6 0.1581 1 3 7 0.1581 1 3 Atoms 1 1 1 -0.159000 6.997875366 11.586652204 54.557198467 0 0 0 2 1 2 -0.106000 7.955281715 11.850127996 53.393961800 0 0 0 3 1 3 0.053000 7.388256974 10.793986488 55.214826641 0 0 0 4 1 3 0.053000 6.010861410 11.265345244 54.188631170 0 0 0 我想搞清楚這些參數具體定義什么參數,閱讀了lammps manual說是需要根據in文件中angle_coeff等相關命令的定義來確定,可是我轉化為data文件就已經有了這些參數,并沒有寫in文件,所以我不清楚的是data文件body中這些參數具體指的什么,舉例: Atoms 1 1 1 -0.159000 6.997875366 11.586652204 54.557198467 0 0 0 原子ID ? 原子類型 ? x坐標 y坐標 z坐標 nx ny nz Pair Coeffs 1 0.0389999952 3.8754094636 ? ? |
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