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[求助]
lammps data file中水的H，O排列
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各位好： 在lammps 手冊中有For each TIP4P water molecule in your system, the atom IDs for the O and 2 H atoms must be consecutive, with the O atom first. For example, if the atom ID of an O atom in a TIP4P water molecule is 500, then its 2 H atoms must have IDs 501 and 502. 我用ms建模，用msi2lmp生成的dafa file中，水的H，O是不規(guī)則排列，請問怎么實現(xiàn)上述的連續(xù)排列？ |
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-07-07 13:45:51
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一、 不是規(guī)則排列的話，你可以自己寫一個處理程序，改成這樣。 二、 懶人的懶辦法： 在VMD 中建立水的模型： 使用 topo writelammpsdata water_ok.data 這個data文件里就是掙錢的格式： 例如： LAMMPS data file. CGCMM style. generated by VMD/TopoTools v1.0 on Fri Jul 06 16:52:25 +0800 2012 84 atoms 56 bonds 28 angles 0 dihedrals 0 impropers 2 atom types 1 bond types 1 angle types 0 dihedral types 0 improper types -0.267500 9.732500 xlo xhi 0.015000 10.015000 ylo yhi 0.065500 10.065500 zlo zhi Masses 1 1.007940 # HT 2 15.999400 # OT Atoms 1 1 2 -0.834000 2.750000 8.844000 9.629000 # OT TIP3 2 1 1 0.417000 2.110000 8.290000 9.998000 # HT TIP3 3 1 1 0.417000 2.164000 9.245000 8.962000 # HT TIP3 4 2 2 -0.834000 1.661000 6.681000 1.943000 # OT TIP3 5 2 1 0.417000 1.943000 5.739000 1.981000 # HT TIP3 6 2 1 0.417000 0.778000 6.599000 1.483000 # HT TIP3 7 3 2 -0.834000 4.618000 8.125000 7.777000 # OT TIP3 8 3 1 0.417000 5.405000 7.919000 8.314000 # HT TIP3 9 3 1 0.417000 4.002000 8.458000 8.422000 # HT TIP3 10 4 2 -0.834000 3.403000 4.687000 9.815000 # OT TIP3 11 4 1 0.417000 3.109000 5.272000 9.097000 # HT TIP3 12 4 1 0.417000 3.817000 3.973000 9.327000 # HT TIP3 13 5 2 -0.834000 2.710000 6.185000 7.540000 # OT TIP3 14 5 1 0.417000 2.467000 6.236000 6.561000 # HT TIP3 15 5 1 0.417000 3.410000 6.855000 7.580000 # HT TIP3 16 6 2 -0.834000 3.320000 1.439000 3.693000 # OT TIP3 17 6 1 0.417000 3.018000 1.263000 2.795000 # HT TIP3 18 6 1 0.417000 4.218000 1.737000 3.533000 # HT TIP3 19 7 2 -0.834000 4.539000 2.605000 8.295000 # OT TIP3 20 7 1 0.417000 5.460000 2.702000 8.123000 # HT TIP3 21 7 1 0.417000 4.434000 1.616000 8.363000 # HT TIP3 22 8 2 -0.834000 4.654000 5.717000 5.023000 # OT TIP3 23 8 1 0.417000 5.059000 5.126000 4.395000 # HT TIP3 24 8 1 0.417000 5.409000 5.785000 5.634000 # HT TIP3 25 9 2 -0.834000 3.686000 8.353000 3.401000 # OT TIP3 26 9 1 0.417000 4.494000 7.930000 3.084000 # HT TIP3 27 9 1 0.417000 3.041000 7.727000 3.197000 # HT TIP3 28 10 2 -0.834000 5.450000 9.067000 5.337000 # OT TIP3 29 10 1 0.417000 4.722000 8.840000 4.711000 # HT TIP3 30 10 1 0.417000 4.939000 8.770000 6.117000 # HT TIP3 31 11 2 -0.834000 2.421000 3.775000 5.058000 # OT TIP3 32 11 1 0.417000 2.684000 2.934000 4.652000 # 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[考研] 大連大學(xué)化學(xué)專業(yè)研究生調(diào)劑 +3 | 琪久. 2026-03-10 | 8/400 |
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