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yiha新蟲 (初入文壇)
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[求助]
lammps data file中水的H，O排列
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各位好： 在lammps 手冊(cè)中有For each TIP4P water molecule in your system, the atom IDs for the O and 2 H atoms must be consecutive, with the O atom first. For example, if the atom ID of an O atom in a TIP4P water molecule is 500, then its 2 H atoms must have IDs 501 and 502. 我用ms建模，用msi2lmp生成的dafa file中，水的H，O是不規(guī)則排列，請(qǐng)問怎么實(shí)現(xiàn)上述的連續(xù)排列？ |
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yiha
新蟲 (初入文壇)
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3樓2012-07-09 15:51:22
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-07-07 13:45:51
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-07-07 13:45:51
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一、 不是規(guī)則排列的話，你可以自己寫一個(gè)處理程序，改成這樣。 二、 懶人的懶辦法： 在VMD 中建立水的模型： 使用 topo writelammpsdata water_ok.data 這個(gè)data文件里就是掙錢的格式： 例如： LAMMPS data file. CGCMM style. generated by VMD/TopoTools v1.0 on Fri Jul 06 16:52:25 +0800 2012 84 atoms 56 bonds 28 angles 0 dihedrals 0 impropers 2 atom types 1 bond types 1 angle types 0 dihedral types 0 improper types -0.267500 9.732500 xlo xhi 0.015000 10.015000 ylo yhi 0.065500 10.065500 zlo zhi Masses 1 1.007940 # HT 2 15.999400 # OT Atoms 1 1 2 -0.834000 2.750000 8.844000 9.629000 # OT TIP3 2 1 1 0.417000 2.110000 8.290000 9.998000 # HT TIP3 3 1 1 0.417000 2.164000 9.245000 8.962000 # HT TIP3 4 2 2 -0.834000 1.661000 6.681000 1.943000 # OT TIP3 5 2 1 0.417000 1.943000 5.739000 1.981000 # HT TIP3 6 2 1 0.417000 0.778000 6.599000 1.483000 # HT TIP3 7 3 2 -0.834000 4.618000 8.125000 7.777000 # OT TIP3 8 3 1 0.417000 5.405000 7.919000 8.314000 # HT TIP3 9 3 1 0.417000 4.002000 8.458000 8.422000 # HT TIP3 10 4 2 -0.834000 3.403000 4.687000 9.815000 # OT TIP3 11 4 1 0.417000 3.109000 5.272000 9.097000 # HT TIP3 12 4 1 0.417000 3.817000 3.973000 9.327000 # HT TIP3 13 5 2 -0.834000 2.710000 6.185000 7.540000 # 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xinmaoqin
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[考研] 學(xué)碩285求調(diào)劑 +13 | Wisjxn 2026-03-12 | 46/2300 |
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[考研] 341求調(diào)劑 +4 | 番茄頭--- 2026-03-10 | 4/200 |
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[考研] 0856材料與化工301求調(diào)劑 +5 | 奕束光 2026-03-13 | 5/250 |
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[考研] 求調(diào)劑 +5 | 一定有學(xué)上- 2026-03-12 | 5/250 |
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[論文投稿]
投稿問題
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星光燦爛xt 2026-03-12 | 6/300 |
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[考研] 0856化學(xué)工程280分求調(diào)劑 +4 | shenzxsn 2026-03-11 | 4/200 |
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[考研] 321求調(diào)劑（食品/專碩） +3 | xc321 2026-03-12 | 6/300 |
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