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liu_chen_na新蟲 (初入文壇)
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[求助]
Autodock對接構(gòu)象準(zhǔn)確性的評價——RMSD 已有1人參與
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蛋白A和小分子B的復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)已知。 蛋白C和蛋白A是同一種蛋白（aa序列有差異)，現(xiàn)在想用Autodock模擬蛋白C和小分子B復(fù)合物的結(jié)構(gòu)。 為了評估模擬過程的準(zhǔn)確性，想以蛋白A和小分子B的復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)中小分子B的位置作為計算RMSD的參考值，即零，通過Autodock模擬出的A和B復(fù)合物結(jié)構(gòu)中B的RMSD值越小則說明模擬的結(jié)果越接近真實。 問題：怎么把蛋白A和小分子B的復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)中小分子B的位置作為計算RMSD的參考值？ 補(bǔ)充：Autodock模擬出來的結(jié)果都是以結(jié)合自由能最低時的小分子B的位置作為參考值。 |
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liu_chen_na: 金幣+5, ★有幫助 2013-11-19 11:04:22
| RMSD是比較結(jié)構(gòu)構(gòu)象差異的 實際上位置可以有差異 比如平移+旋轉(zhuǎn) 只要分子內(nèi)部相對坐標(biāo)沒變RMSD還是0 所以感覺比較好的做法是將蛋白A和C superimpose 對齊，然后看看通過對接得到的B和晶體里的B在這個時候的結(jié)構(gòu)是否相近 靠近 最后在用軟件算一下RMSD 像ls說的 VMD里應(yīng)該有模塊可以算的 discovery studio 也可以 |
3樓2013-11-19 09:44:42
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