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liu_chen_na新蟲 (初入文壇)
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[求助]
Autodock對(duì)接構(gòu)象準(zhǔn)確性的評(píng)價(jià)——RMSD 已有1人參與
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蛋白A和小分子B的復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)已知。 蛋白C和蛋白A是同一種蛋白（aa序列有差異)，現(xiàn)在想用Autodock模擬蛋白C和小分子B復(fù)合物的結(jié)構(gòu)。 為了評(píng)估模擬過程的準(zhǔn)確性，想以蛋白A和小分子B的復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)中小分子B的位置作為計(jì)算RMSD的參考值，即零，通過Autodock模擬出的A和B復(fù)合物結(jié)構(gòu)中B的RMSD值越小則說明模擬的結(jié)果越接近真實(shí)。 問題：怎么把蛋白A和小分子B的復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)中小分子B的位置作為計(jì)算RMSD的參考值？ 補(bǔ)充：Autodock模擬出來的結(jié)果都是以結(jié)合自由能最低時(shí)的小分子B的位置作為參考值。 |
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| RMSD是比較結(jié)構(gòu)構(gòu)象差異的 實(shí)際上位置可以有差異 比如平移+旋轉(zhuǎn) 只要分子內(nèi)部相對(duì)坐標(biāo)沒變RMSD還是0 所以感覺比較好的做法是將蛋白A和C superimpose 對(duì)齊，然后看看通過對(duì)接得到的B和晶體里的B在這個(gè)時(shí)候的結(jié)構(gòu)是否相近 靠近 最后在用軟件算一下RMSD 像ls說的 VMD里應(yīng)該有模塊可以算的 discovery studio 也可以 |
3樓2013-11-19 09:44:42
liu_chen_na
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