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北京石油化工學院2026年研究生招生接收調劑公告

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linyusuc

銀蟲 (小有名氣)

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[交流] polymer 初始結構

大家在進行復雜的聚合物體系的全原子模擬的時候，都是如何建構初始體系的呢，如何獲得較好的能量最小化的結構呢，有什么高明的方法嗎？請大家積極暢所欲言吧！

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1樓 2013-11-20 20:50:39

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hanhan1020

木蟲 (正式寫手)

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★ ★
linyusuc(金幣+1): 謝謝參與
月只藍: 金幣+1, 鼓勵交流！ 2013-11-21 09:08:19

最好高溫下松弛一下晶胞結構

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2樓2013-11-20 21:38:51

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sciencejoy

新蟲 (著名寫手)

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★ ★
linyusuc(金幣+1): 謝謝參與
月只藍: 金幣+1, 鼓勵交流！ 2013-11-21 09:08:27

無規(guī)行走生成高分子主鏈。能量最小化這一步驟不是必須要有的

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3樓2013-11-20 22:34:22

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linyusuc

銀蟲 (小有名氣)

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3樓: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-20 22:34:22
無規(guī)行走生成高分子主鏈。能量最小化這一步驟不是必須要有的

你好，謝謝你的積極討論，因為對高分子相關的方面的欠缺，并不是很明白你的意思，為什么不是必須要有的呢？我在進行相關的模擬研究的時候就發(fā)現(xiàn)，能量最小化的時候體系的范德華相互作用能是非常大的，這樣的結構在進行MD的時候很容易就導致失敗，那么請問你有什么高見來解決這種范德華相互作用過大的情況嗎？

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4樓2013-11-21 07:09:27

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polypro

木蟲 (正式寫手)

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★ ★ ★
linyusuc(金幣+1): 謝謝參與
月只藍: 金幣+2, 感謝指導！ 2013-11-21 09:08:42

無規(guī)行走，可加上體積排斥效應進行預松弛達到平衡一段時間后，再加上能量進行模擬。

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5樓2013-11-21 08:25:47

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sciencejoy

新蟲 (著名寫手)

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★ ★
月只藍: 金幣+2, 感謝指導！ 2013-11-21 15:19:57

引用回帖:

4樓: Originally posted by linyusuc at 2013-11-21 07:09:27
你好，謝謝你的積極討論，因為對高分子相關的方面的欠缺，并不是很明白你的意思，為什么不是必須要有的呢？我在進行相關的模擬研究的時候就發(fā)現(xiàn)，能量最小化的時候體系的范德華相互作用能是非常大的，這樣的結構在 ...

初始構象生成的時候要注意不要出現(xiàn)粒子重疊的情況，一般不會出現(xiàn)你說的情況。

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6樓2013-11-21 12:04:55

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linyusuc

銀蟲 (小有名氣)

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6樓: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-21 12:04:55
初始構象生成的時候要注意不要出現(xiàn)粒子重疊的情況，一般不會出現(xiàn)你說的情況。...

可是我建構的一個包含6個單體的聚苯乙烯鏈，能量最小化的過程中，這個單一的鏈總是范德華相互作用能是一個正值，其他的研究分子體系的范德華相互作用能都是負值的，真的很不知道怎么辦好？這樣的體系能用于隨后地MD嗎？

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7樓2013-11-21 16:12:59

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sciencejoy

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7樓: Originally posted by linyusuc at 2013-11-21 16:12:59
可是我建構的一個包含6個單體的聚苯乙烯鏈，能量最小化的過程中，這個單一的鏈總是范德華相互作用能是一個正值，其他的研究分子體系的范德華相互作用能都是負值的，真的很不知道怎么辦好？這樣的體系能用于隨后地M ...

多少鏈？粒子數(shù)密度有多大？直接跑平衡就可以了

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8樓2013-11-21 17:06:48

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linyusuc

銀蟲 (小有名氣)

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8樓: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-21 17:06:48
多少鏈？粒子數(shù)密度有多大？直接跑平衡就可以了...

10條鏈，總計數(shù)2850個原子，按照實驗上的密度創(chuàng)建的聚合物體系，22埃的模擬盒子，可是這樣跑完分子動力學之后出現(xiàn)的問題的就是，體系計算出的分子間相互作用能是很大的正值，而對于其他的聚合物體系，這種計算出的分子間的相互作用都是負值，好像按照常理也該是負值吧，要不體系怎么能穩(wěn)定存在呢，正值很大不久表示體系中鏈之間的排斥作用很大嗎？

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9樓2013-11-22 07:46:08

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sciencejoy

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9樓: Originally posted by linyusuc at 2013-11-22 07:46:08
10條鏈，總計數(shù)2850個原子，按照實驗上的密度創(chuàng)建的聚合物體系，22埃的模擬盒子，可是這樣跑完分子動力學之后出現(xiàn)的問題的就是，體系計算出的分子間相互作用能是很大的正值，而對于其他的聚合物體系，這種計算出的 ...

先判斷你是否已經(jīng)跑好平衡了。我沒有算過分子間相互作用能

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10樓2013-11-22 09:09:44

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linyusuc

銀蟲 (小有名氣)

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10樓: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-22 09:09:44
先判斷你是否已經(jīng)跑好平衡了。我沒有算過分子間相互作用能...

您好，那么如何判斷是否跑好平衡了呢，是通過對哪些量進行的表征呢？不是很明白，真誠向您請教！

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11樓2013-11-23 23:19:17

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sciencejoy

新蟲 (著名寫手)

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月只藍: 金幣+1, 感謝指導！ 2013-11-24 10:55:55

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11樓: Originally posted by linyusuc at 2013-11-23 23:19:17
您好，那么如何判斷是否跑好平衡了呢，是通過對哪些量進行的表征呢？不是很明白，真誠向您請教！...

你沒學過分子模擬的課程？判斷平衡，看內能、溫度是否基本恒定，計算一下一些物理量的弛豫時間，一般前2倍弛豫時間為跑平衡的階段。

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12樓2013-11-24 07:54:57

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linyusuc

銀蟲 (小有名氣)

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12樓: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-24 07:54:57
你沒學過分子模擬的課程？判斷平衡，看內能、溫度是否基本恒定，計算一下一些物理量的弛豫時間，一般前2倍弛豫時間為跑平衡的階段。...

謝謝你的積極幫助，我再去學習一下相關內容，因為之前沒做過這方面的，所以好多都不是很理解！萬分感激你的幫助！

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13樓2013-11-24 18:08:08

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阿德

金蟲 (正式寫手)

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★
linyusuc(金幣+1): 謝謝參與

請問你指的復雜的聚合物體系，是那種還有無定形成分的么？

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14樓2013-11-28 21:27:48

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linyusuc

銀蟲 (小有名氣)

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14樓: Originally posted by 阿德 at 2013-11-28 21:27:48
請問你指的復雜的聚合物體系，是那種還有無定形成分的么？

您好，請問您說的無定形成分指的是什么呀，因為我沒有學過高分子方面的知識所以并不是很明白，望您諒解！

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15樓2013-11-29 07:37:13

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阿德

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15樓: Originally posted by linyusuc at 2013-11-29 07:37:13
您好，請問您說的無定形成分指的是什么呀，因為我沒有學過高分子方面的知識所以并不是很明白，望您諒解！...

就是晶體外的其他形式，你不是也做高分子么？側重哪一塊？

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16樓2013-11-29 22:40:20

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linyusuc

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16樓: Originally posted by 阿德 at 2013-11-29 22:40:20
就是晶體外的其他形式，你不是也做高分子么？側重哪一塊？
...

是否指的是無定形元胞是嗎，我主要想用理論模擬計算聚合物的溶解度參數(shù)的！但是聚合物的模擬研究中有很多的參數(shù)不知道設定是否合理呢？請問，您有什么好的建議呢？

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17樓2013-11-30 08:11:53

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阿德

金蟲 (正式寫手)

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17樓: Originally posted by linyusuc at 2013-11-30 08:11:53
是否指的是無定形元胞是嗎，我主要想用理論模擬計算聚合物的溶解度參數(shù)的！但是聚合物的模擬研究中有很多的參數(shù)不知道設定是否合理呢？請問，您有什么好的建議呢？...

我也不大董高分子，你會計算結構么

[ 發(fā)自小木蟲客戶端 ]

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18樓2013-11-30 22:25:02

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linyusuc

銀蟲 (小有名氣)

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18樓: Originally posted by 阿德 at 2013-11-30 22:25:02
我也不大董高分子，你會計算結構么
...

你好，請問你指的計算結構是什么呀？

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19樓2013-12-02 10:34:05

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阿德

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19樓: Originally posted by linyusuc at 2013-12-02 10:34:05
你好，請問你指的計算結構是什么呀？...

就是分子的一級結構和二級結構

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20樓2013-12-02 13:50:33

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linyusuc

銀蟲 (小有名氣)

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20樓: Originally posted by 阿德 at 2013-12-02 13:50:33
就是分子的一級結構和二級結構
...

抱歉，這個我也不是很明白，因為以前沒有學過高分子方面的知識，所以這方面欠缺很多！

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21樓2013-12-02 14:50:43

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