 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 10 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2094 | 回復(fù): 9 | ||
longwei1221鐵蟲 (小有名氣)
|
[求助]
packmol如何構(gòu)建初始結(jié)構(gòu)供dl_poly使用？
|
| 看到文獻(xiàn)中有說使用MD程序dl_poly來計(jì)算擴(kuò)散系數(shù)，然后dl_poly是用packmol來提供初始結(jié)構(gòu)的，于是把這兩個(gè)開源的軟件都下載并且編譯好了。也都能使用程序提供的輸入文件進(jìn)行運(yùn)行，可是我現(xiàn)在不清楚的是，如何把packmol得到的結(jié)果給dl_poly使用。packmol是得到一個(gè)pdb文件，可是我看到了dl_poly的輸入文件格式與它都不一樣啊，而且dl_poly中用到幾個(gè)輸入文件，該修改哪一個(gè)呢？望高人能給予指點(diǎn)。 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
本人考085602 化學(xué)工程 專碩
已經(jīng)有23人回復(fù)
-
求調(diào)劑院校信息
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085600材料與化工306
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
286求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
328求調(diào)劑，英語六級551，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué)070300 學(xué)碩336求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
286分人工智能專業(yè)請求調(diào)劑愿意跨考！
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
資源與環(huán)境 調(diào)劑申請(333分)
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
280求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
269專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
043114076
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 49 (小學(xué)生)
- 金幣: 3364.9
- 散金: 52
- 紅花: 23
- 帖子: 788
- 在線: 369.5小時(shí)
- 蟲號: 570592
- 注冊: 2008-06-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
longwei1221: 金幣+10, ★★★很有幫助, 非常感謝！ 2012-11-19 09:33:40
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-11-19 09:36:23
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
longwei1221: 金幣+10, ★★★很有幫助, 非常感謝！ 2012-11-19 09:33:40
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-11-19 09:36:23
|
packmol 可以生成xyz和pdb的文件，我一般用xyz。 從xyz或者pdb到dlpoly的輸入文件CONFIG 有兩種方法可以做到：第一是使用DLPOLY的GUI，里面可以導(dǎo)入這兩種類型的文件。 第二是仿照utility文件夾中的dlpxyz.f或者dl2xyz 寫一個(gè)xyz2dlp的小程序。兩種方法各有利弊，你自己權(quán)衡吧 |
2樓2012-11-19 08:59:13
longwei1221
鐵蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 116.8
- 散金: 128
- 紅花: 20
- 帖子: 191
- 在線: 81.7小時(shí)
- 蟲號: 1439584
- 注冊: 2011-10-12
- 性別: GG
- 專業(yè): 核技術(shù)及其應(yīng)用
3樓2012-11-20 20:36:52
043114076
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 49 (小學(xué)生)
- 金幣: 3364.9
- 散金: 52
- 紅花: 23
- 帖子: 788
- 在線: 369.5小時(shí)
- 蟲號: 570592
- 注冊: 2008-06-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
4樓2012-11-21 12:19:00
longwei1221
鐵蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 116.8
- 散金: 128
- 紅花: 20
- 帖子: 191
- 在線: 81.7小時(shí)
- 蟲號: 1439584
- 注冊: 2011-10-12
- 性別: GG
- 專業(yè): 核技術(shù)及其應(yīng)用
5樓2012-11-21 13:04:29
043114076
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 49 (小學(xué)生)
- 金幣: 3364.9
- 散金: 52
- 紅花: 23
- 帖子: 788
- 在線: 369.5小時(shí)
- 蟲號: 570592
- 注冊: 2008-06-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
6樓2012-11-21 18:22:48
longwei1221
鐵蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 116.8
- 散金: 128
- 紅花: 20
- 帖子: 191
- 在線: 81.7小時(shí)
- 蟲號: 1439584
- 注冊: 2011-10-12
- 性別: GG
- 專業(yè): 核技術(shù)及其應(yīng)用
7樓2012-11-21 19:26:58
043114076
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 49 (小學(xué)生)
- 金幣: 3364.9
- 散金: 52
- 紅花: 23
- 帖子: 788
- 在線: 369.5小時(shí)
- 蟲號: 570592
- 注冊: 2008-06-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
8樓2012-11-21 20:38:26
longwei1221
鐵蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 116.8
- 散金: 128
- 紅花: 20
- 帖子: 191
- 在線: 81.7小時(shí)
- 蟲號: 1439584
- 注冊: 2011-10-12
- 性別: GG
- 專業(yè): 核技術(shù)及其應(yīng)用
|
我添加了trajectory的，可是沒有HISTORY這個(gè)文件。這是我的輸入文件，當(dāng)然有報(bào)錯(cuò)，可是我一個(gè)一個(gè)去掉命令到可以正常運(yùn)行的時(shí)候，還是沒有HISTORY文件。麻煩你幫忙看看是這么好回事好嗎？ SODIUM CHLORIDE WITH (27000 IONS) temperature 500.0 equilibration steps 2000 steps 8000 timestep 0.001 #scale 5 cutoff 12.0 rvdw 12.0 ewald precision 1d-6 #ensemble nvt hoover 0.02 ensemble nvt berendsen 0.01 print every 10 stats every 10 collect job time 19999990 close time 20000 binsize 0.05 Angstroms rdf 7 steps print rdf zden 7 steps print zden replay trajectory 2000 30 0 finish |
9樓2012-11-22 15:07:01
Darlingjack
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 244.7
- 帖子: 84
- 在線: 46小時(shí)
- 蟲號: 3325239
- 注冊: 2014-07-16
- 性別: GG
- 專業(yè): 核物理
10樓2014-12-22 10:45:12
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 longwei1221 的主題更新
| 10 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿211，0703化學(xué)310分求調(diào)劑 +3 | 努力奮斗112 2026-03-15 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 廣西大學(xué)材料導(dǎo)師推薦 +3 | 夏夏夏小正 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +4 | mlpqaz03 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 278求調(diào)劑 +9 | 煙火先于春 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +3 | 余意卿 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境總分308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +9 | 簡單點(diǎn)0 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 材料工程（專）一志愿985 初試335求調(diào)劑 +3 | hiloiy 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 二本跨考鄭大材料306英一數(shù)二 +3 | z1z2z3879 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 22408 344分 求調(diào)劑 一志愿 華電計(jì)算機(jī)技術(shù) +4 | solanXXX 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑 +4 | 小材化本科 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿武漢理工材料工程專碩調(diào)劑 +9 | Doleres 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +9 | 想上學(xué)吖吖 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中農(nóng)業(yè)071010，總分320求調(diào)劑 +3 | 困困困困坤坤 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉林大學(xué)材料學(xué)碩321求調(diào)劑 +11 | Ymlll 2026-03-18 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 086500 325 求調(diào)劑 +3 | 領(lǐng)帶小熊 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料專碩306英一數(shù)二 +10 | z1z2z3879 2026-03-16 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 材料專碩326求調(diào)劑 +6 | 墨煜姒莘 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 東南大學(xué)364求調(diào)劑 +5 | JasonYuiui 2026-03-15 | 5/250 |
|