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longwei1221鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
packmol如何構(gòu)建初始結(jié)構(gòu)供dl_poly使用？
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| 看到文獻中有說使用MD程序dl_poly來計算擴散系數(shù)，然后dl_poly是用packmol來提供初始結(jié)構(gòu)的，于是把這兩個開源的軟件都下載并且編譯好了。也都能使用程序提供的輸入文件進行運行，可是我現(xiàn)在不清楚的是，如何把packmol得到的結(jié)果給dl_poly使用。packmol是得到一個pdb文件，可是我看到了dl_poly的輸入文件格式與它都不一樣啊，而且dl_poly中用到幾個輸入文件，該修改哪一個呢？望高人能給予指點。 |
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packmol 可以生成xyz和pdb的文件，我一般用xyz。 從xyz或者pdb到dlpoly的輸入文件CONFIG 有兩種方法可以做到：第一是使用DLPOLY的GUI，里面可以導(dǎo)入這兩種類型的文件。 第二是仿照utility文件夾中的dlpxyz.f或者dl2xyz 寫一個xyz2dlp的小程序。兩種方法各有利弊，你自己權(quán)衡吧 |
2樓2012-11-19 08:59:13
longwei1221
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3樓2012-11-20 20:36:52
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4樓2012-11-21 12:19:00
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5樓2012-11-21 13:04:29
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6樓2012-11-21 18:22:48
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7樓2012-11-21 19:26:58
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8樓2012-11-21 20:38:26
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我添加了trajectory的，可是沒有HISTORY這個文件。這是我的輸入文件，當然有報錯，可是我一個一個去掉命令到可以正常運行的時候，還是沒有HISTORY文件。麻煩你幫忙看看是這么好回事好嗎？ SODIUM CHLORIDE WITH (27000 IONS) temperature 500.0 equilibration steps 2000 steps 8000 timestep 0.001 #scale 5 cutoff 12.0 rvdw 12.0 ewald precision 1d-6 #ensemble nvt hoover 0.02 ensemble nvt berendsen 0.01 print every 10 stats every 10 collect job time 19999990 close time 20000 binsize 0.05 Angstroms rdf 7 steps print rdf zden 7 steps print zden replay trajectory 2000 30 0 finish |
9樓2012-11-22 15:07:01
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