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longwei1221鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
packmol如何構(gòu)建初始結(jié)構(gòu)供dl_poly使用？
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| 看到文獻(xiàn)中有說使用MD程序dl_poly來計(jì)算擴(kuò)散系數(shù)，然后dl_poly是用packmol來提供初始結(jié)構(gòu)的，于是把這兩個(gè)開源的軟件都下載并且編譯好了。也都能使用程序提供的輸入文件進(jìn)行運(yùn)行，可是我現(xiàn)在不清楚的是，如何把packmol得到的結(jié)果給dl_poly使用。packmol是得到一個(gè)pdb文件，可是我看到了dl_poly的輸入文件格式與它都不一樣啊，而且dl_poly中用到幾個(gè)輸入文件，該修改哪一個(gè)呢？望高人能給予指點(diǎn)。 |
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longwei1221
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我添加了trajectory的，可是沒有HISTORY這個(gè)文件。這是我的輸入文件，當(dāng)然有報(bào)錯(cuò)，可是我一個(gè)一個(gè)去掉命令到可以正常運(yùn)行的時(shí)候，還是沒有HISTORY文件。麻煩你幫忙看看是這么好回事好嗎？ SODIUM CHLORIDE WITH (27000 IONS) temperature 500.0 equilibration steps 2000 steps 8000 timestep 0.001 #scale 5 cutoff 12.0 rvdw 12.0 ewald precision 1d-6 #ensemble nvt hoover 0.02 ensemble nvt berendsen 0.01 print every 10 stats every 10 collect job time 19999990 close time 20000 binsize 0.05 Angstroms rdf 7 steps print rdf zden 7 steps print zden replay trajectory 2000 30 0 finish |
9樓2012-11-22 15:07:01
043114076
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【答案】應(yīng)助回帖
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longwei1221: 金幣+10, ★★★很有幫助, 非常感謝！ 2012-11-19 09:33:40
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packmol 可以生成xyz和pdb的文件，我一般用xyz。 從xyz或者pdb到dlpoly的輸入文件CONFIG 有兩種方法可以做到：第一是使用DLPOLY的GUI，里面可以導(dǎo)入這兩種類型的文件。 第二是仿照utility文件夾中的dlpxyz.f或者dl2xyz 寫一個(gè)xyz2dlp的小程序。兩種方法各有利弊，你自己權(quán)衡吧 |
2樓2012-11-19 08:59:13
longwei1221
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3樓2012-11-20 20:36:52
043114076
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4樓2012-11-21 12:19:00
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