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請(qǐng)教autodock4: non-integral charge及error in docking parameter file
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我找了一個(gè)體系，要進(jìn)行小分子和大分子的對(duì)接 問題1 其中，4L52_protein_H2O.pdbqt是大分子pdb文件去水和加氫后，grid macromolecule打開再保存的。這里我碰到了一個(gè)問題：首先在ADT中打開大分子pdb時(shí)提示（內(nèi)容見截圖warning-pdb.png），然后保存為pdbqt，關(guān)閉，然后再grid macromolecule打開pdbqt文件，先提示（內(nèi)容見截圖warning-pdbqt.png），OK后，再提示（內(nèi)容見截圖warning-pdbqt-2.png），請(qǐng)問這如果不做改動(dòng)的話，對(duì)接下來的對(duì)接是否有影響？如果有的話，應(yīng)該對(duì)pdbqt文件怎樣處理？（官方教程UsingAutoDockWithADT.pdf 03版的第16頁(yè)左側(cè)說明：the most likely cause of non-integral charges using our tutorial example hsg1 is that it lacks polar hydrogens (see Exercise One). With other molecules, it is also possible that some atoms are missing from the pdb file. You can repair these missing atoms with a command in the repairCommands module. To do so, first load that module then Edit Misc Repair Missing Atoms.Obviously, you have to repeat Exercise One: adding polar hydrogens etc if any residues have been repaired.,但我現(xiàn)在用的是autodock 4.0 08年出的教程上沒有此項(xiàng)說明，），請(qǐng)大家?guī)臀以赼utodock tools上修正一下這個(gè)pdbqt，我這項(xiàng)操作不太熟悉。 問題二： 當(dāng)進(jìn)行到autodock一步時(shí)，其他的小分子都正常運(yùn)行，只有這個(gè)分子不正常，輸入 nohup autodock4 -p 045.dpf -l 045.dlg&后立即停止 utodock4: ERROR: DPF> dsolvmap 4L52_protein_H2O.d.map # desolvation map autodock4: ERROR: Unrecognized keyword in docking parameter file. autodock4: Aborting... autodock4: Unsuccessful Completion. 附件：045.gpf 045.dpf nohup.out |
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- 附件 2 : 045.pdbqt
- 附件 3 : 045.gpf
- 附件 4 : 045.dpf
- 附件 5 : warning-pdb.png
- 附件 6 : warning-pdbqt.png
- 附件 7 : warning-pdbqt-2.png
2013-11-23 16:16:16, 221.87 K
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金蟲 (著名寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-11-24 10:54:18
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月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-11-24 10:54:18
 網(wǎng)上很多教程，多找來看。 而且你沒有說加電荷啊，去水和游離離子后，加氫加電荷。選的靶標(biāo)蛋白從Protein Bank 里找分辨率最好的幾個(gè)，如果確實(shí)有蛋白結(jié)構(gòu)缺失，要用某些軟件修補(bǔ)后，再拿到ADT上。 沒有人帶，自己摸索的話，要費(fèi)非常多的時(shí)間，根本不合算。我大約用了近一年的時(shí)間，陸陸續(xù)續(xù)用閑暇時(shí)間看，也就是學(xué)到最簡(jiǎn)單的剛性對(duì)接，柔性對(duì)接還沒成功過。 最好找個(gè)懂行的，學(xué)一周，比自己學(xué)一年還快！ |
2樓2013-11-23 17:09:51
3樓2013-11-23 18:19:07
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