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請教autodock4: non-integral charge及error in docking parameter file
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我找了一個體系，要進行小分子和大分子的對接 問題1 其中，4L52_protein_H2O.pdbqt是大分子pdb文件去水和加氫后，grid macromolecule打開再保存的。這里我碰到了一個問題：首先在ADT中打開大分子pdb時提示（內(nèi)容見截圖warning-pdb.png），然后保存為pdbqt，關閉，然后再grid macromolecule打開pdbqt文件，先提示（內(nèi)容見截圖warning-pdbqt.png），OK后，再提示（內(nèi)容見截圖warning-pdbqt-2.png），請問這如果不做改動的話，對接下來的對接是否有影響？如果有的話，應該對pdbqt文件怎樣處理？（官方教程UsingAutoDockWithADT.pdf 03版的第16頁左側說明：the most likely cause of non-integral charges using our tutorial example hsg1 is that it lacks polar hydrogens (see Exercise One). With other molecules, it is also possible that some atoms are missing from the pdb file. You can repair these missing atoms with a command in the repairCommands module. To do so, first load that module then Edit Misc Repair Missing Atoms.Obviously, you have to repeat Exercise One: adding polar hydrogens etc if any residues have been repaired.,但我現(xiàn)在用的是autodock 4.0 08年出的教程上沒有此項說明，），請大家?guī)臀以赼utodock tools上修正一下這個pdbqt，我這項操作不太熟悉。 問題二： 當進行到autodock一步時，其他的小分子都正常運行，只有這個分子不正常，輸入 nohup autodock4 -p 045.dpf -l 045.dlg&后立即停止 utodock4: ERROR: DPF> dsolvmap 4L52_protein_H2O.d.map # desolvation map autodock4: ERROR: Unrecognized keyword in docking parameter file. autodock4: Aborting... autodock4: Unsuccessful Completion. 附件：045.gpf 045.dpf nohup.out |
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- 附件 2 : 045.pdbqt
- 附件 3 : 045.gpf
- 附件 4 : 045.dpf
- 附件 5 : warning-pdb.png
- 附件 6 : warning-pdbqt.png
- 附件 7 : warning-pdbqt-2.png
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