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mengxiang9251木蟲 (正式寫手)
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[求助]
急求！修改文章求助
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大家好！ 我 回答審稿人的問題時(shí)遇到了困難，想請教下大家，該怎么回審稿人。 內(nèi)容如下：Since the compound has many potential hydrogen bonding sites, specific hydrogen bonding may affect the reaction mechanism. Therefore the authors should comment on the justification of using the PCM model for incorporating solvent effect because continuum model do not consider specific hydrogen bonding. 我的理解是審稿人說我的這個體系還有很多潛在的能形成氫鍵的位置，而氫鍵能影響反應(yīng)機(jī)理。而PCM模型沒有考慮氫鍵的作用，作者應(yīng)該給出說明。 我是做了一個化合物與羥基反應(yīng)的機(jī)理研究，用溶劑化模型模擬了在水中的反應(yīng)，但是沒考慮具體氫鍵，該怎么回答？急求，謝謝大家。 |
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2樓2013-11-26 16:05:32
virtualzx
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3樓2013-11-27 02:42:35
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5樓2013-12-14 03:05:04
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6樓2013-12-19 10:29:29
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在gv里，從你各個優(yōu)化好的結(jié)構(gòu)出發(fā)，加一個水分子，再進(jìn)行相同的計(jì)算就可以了，加的時(shí)候水的位置只要符合你預(yù)期的氫鍵的未知就好，然后進(jìn)行下優(yōu)化。如果有多個重要?dú)滏I位點(diǎn)，每一個最好各進(jìn)行一次計(jì)算。不需要收斂的特別嚴(yán)格，主要是要證明加入這個配位水對體系沒有特別嚴(yán)重的影響。 凡是加水之后和之前沒有太大變化的位點(diǎn)，都可以先不管它。如果有多個位點(diǎn)都可能造成嚴(yán)重影響就要多加水分子了，不過一般加超過兩個就很難優(yōu)化結(jié)構(gòu)了。 最好的情況下就是加了水之后優(yōu)化結(jié)果變化不大，放熱、勢壘也沒啥變化，那就直接把這些結(jié)果放進(jìn)paper里就好了，證明PCM好使；不過一般羥基上有氫鍵對勢壘影響還是挺大的。 |
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mengxiang92517樓2013-12-19 12:07:13
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8樓2013-12-19 15:16:04
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