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mengxiang9251木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
急求！修改文章求助
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大家好！ 我 回答審稿人的問(wèn)題時(shí)遇到了困難，想請(qǐng)教下大家，該怎么回審稿人。 內(nèi)容如下：Since the compound has many potential hydrogen bonding sites, specific hydrogen bonding may affect the reaction mechanism. Therefore the authors should comment on the justification of using the PCM model for incorporating solvent effect because continuum model do not consider specific hydrogen bonding. 我的理解是審稿人說(shuō)我的這個(gè)體系還有很多潛在的能形成氫鍵的位置，而氫鍵能影響反應(yīng)機(jī)理。而PCM模型沒(méi)有考慮氫鍵的作用，作者應(yīng)該給出說(shuō)明。 我是做了一個(gè)化合物與羥基反應(yīng)的機(jī)理研究，用溶劑化模型模擬了在水中的反應(yīng)，但是沒(méi)考慮具體氫鍵，該怎么回答？急求，謝謝大家。 |
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2樓2013-11-26 16:05:32
virtualzx
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3樓2013-11-27 02:42:35
mengxiang9251
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4樓2013-12-13 15:52:20
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5樓2013-12-14 03:05:04
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6樓2013-12-19 10:29:29
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在gv里，從你各個(gè)優(yōu)化好的結(jié)構(gòu)出發(fā)，加一個(gè)水分子，再進(jìn)行相同的計(jì)算就可以了，加的時(shí)候水的位置只要符合你預(yù)期的氫鍵的未知就好，然后進(jìn)行下優(yōu)化。如果有多個(gè)重要?dú)滏I位點(diǎn)，每一個(gè)最好各進(jìn)行一次計(jì)算。不需要收斂的特別嚴(yán)格，主要是要證明加入這個(gè)配位水對(duì)體系沒(méi)有特別嚴(yán)重的影響。 凡是加水之后和之前沒(méi)有太大變化的位點(diǎn)，都可以先不管它。如果有多個(gè)位點(diǎn)都可能造成嚴(yán)重影響就要多加水分子了，不過(guò)一般加超過(guò)兩個(gè)就很難優(yōu)化結(jié)構(gòu)了。 最好的情況下就是加了水之后優(yōu)化結(jié)果變化不大，放熱、勢(shì)壘也沒(méi)啥變化，那就直接把這些結(jié)果放進(jìn)paper里就好了，證明PCM好使；不過(guò)一般羥基上有氫鍵對(duì)勢(shì)壘影響還是挺大的。 |
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mengxiang92517樓2013-12-19 12:07:13
mengxiang9251
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8樓2013-12-19 15:16:04
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