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雪狼乖乖
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z-matrix 計算HCN居然出錯~~
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# opt=z-matrix am1 Title Card Required 0 1 C H 1 B1 N 1 B2 2 A1 B1 1.06898300 B2 1.16018400 A1 180.00000000 以下是出錯信息： Error on Z-matrix card number 3 angle Alpha is outside the valid range of 0 to 180. Conversion from Z-matrix to cartesian coordinates failed: --------------------------------------------------------------------------------------------------- Z-MATRIX (ANGSTROMS AND DEGREES) CD Cent Atom N1 Length/X N2 Alpha/Y N3 Beta/Z J --------------------------------------------------------------------------------------------------- 1 1 C 2 2 H 1 1.068983( 1) 3 3 N 1 1.160184( 2) 2 180.000( 3) --------------------------------------------------------------------------------------------------- Error termination via Lnk1e in e:\g09w\l716.exe at Mon Dec 02 21:29:13 2013. 請問：為何會提示180°超過計算范圍？這個在算法上是什么原因造成的？有人說是勢能求梯度時報錯造成的。 我將角度修改為179°時，運行正常，但是當角度優(yōu)化到180°時又報錯了。 如果取消z矩陣的話，優(yōu)化正常結(jié)束。 求教 |
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雪狼乖乖 
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【答案】應(yīng)助回帖
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雪狼乖乖: 金幣+10, ★★★★★最佳答案, 虛原子我設(shè)過 但是還是會死掉 第一步?jīng)]問題 第二步就game over了 2013-12-03 09:39:34
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三個呈線性的分子的鍵角是不能使用的，鍵角對所有直角坐標的偏導(dǎo)數(shù)都為0。另外，線性分子的自由度比非線性分子多1，而多出的正是對應(yīng)鍵角彎曲自由度的；在兩個垂直方向鍵角的張合構(gòu)成兩個簡并自由度。要正確描述線性分子，需要設(shè)置一個虛原子，才能得到正確的3N-5個自由度。 C H 1 B1 X 1 1.0 2 90.0 N 1 B2 3 90.0 2 180.00 B1 1.06898300 B2 1.16018400 詳細解釋可以在高斯網(wǎng)站找到 http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/c_zmat.htm 找到Using dummy atoms這一節(jié)，就有HCN這個分子的例子。 |
6樓2013-12-03 00:40:49
7樓2013-12-03 08:19:12
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