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gunther

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[求助] ubuntu運行vasp5.3.3出錯

大家好，我的系統(tǒng)是64位ubuntu，cpu是i5-3470（四核四線程），內存8G，安裝的是并行的vasp5.3.3，低精度可以正常計算，但是高精度時vasp運行十秒左右的時候就被ubuntu殺了，這時候內存總占用是30%多一點。我的INCAR如下：
PREC = Accurate
ENCUT = 900
KGAMA = T
KSPACING = 0.5
EDIFF = 1e-5
IBRION = 2
ISIF = 3
NSW = 80
ISMEAR = 0 ; SIGMA = 0.05
POTIM = 0.05
LWAVE = FALSE
LCHARG = FALSE
PSTRESS = 500
EDIFFG = 1e-4
NPAR = 2
NCOR = 2
輸出文件里這樣提示錯誤：
entering main loop
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       rms(c)
rank 3 in job 17  ubuntu_46776 caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 3: killed by signal 9
rank 1 in job 17  ubuntu_46776 caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 1: killed by signal 9
師兄說這可能是內存溢出導致的，他讓我執(zhí)行如下命令：
ulimit -c unlimited
ulimit -d unlimited
ulimit -m unlimited
ulimit -t unlimited
ulimit -v unlimited
ulimit -s unlimited
但是還是不好使，哪位大神幫忙指教一下哈？

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1樓 2013-12-10 10:17:36

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emilyoyang

木蟲 (正式寫手)

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【答案】應助回帖

★
感謝參與，應助指數 +1
sunyang1988: 金幣+1, 謝謝交流 2013-12-13 10:16:59

你算的什么體系啊，多少原子，ENCUT = 900不用這么夸張吧！
ENCUT減一半試試吧

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2樓2013-12-10 10:59:55

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gunther

金蟲 (初入文壇)

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引用回帖:

2樓: Originally posted by emilyoyang at 2013-12-10 10:59:55
你算的什么體系啊，多少原子，ENCUT = 900不用這么夸張吧！
ENCUT減一半試試吧

贗勢里面enmax=500，但是我想讓能量收斂，所以選900，我用700算沒有問題，但是用900就出錯，而且內存總共才用了30%左右，我換了另外一個結構就可以算了，我那個算不了的結構的特征是abc夾角很小。

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3樓2013-12-10 16:21:48

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chuanghua304

禁蟲 (職業(yè)作家)

★
感謝參與，應助指數 +1
sunyang1988: 金幣+1, 系誒些交流 2013-12-13 10:17:10

本帖內容被屏蔽

4樓2013-12-10 18:52:25

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gunther

金蟲 (初入文壇)

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4樓: Originally posted by chuanghua304 at 2013-12-10 18:52:25
估計是內存溢出了。加大截斷能后需要的內存增加不少呢。700能算，900不能算肯定是內存的問題。你只要不算應力聲子等性質沒必要去這么大的截斷能，即使算力和聲子700左右就夠了。

但是我看那個任務的內存占用量，總共還不到30%，不像是內存溢出，這個截斷能是我測出來的，認為能量收斂到1meV/atom為合理。

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5樓2013-12-10 19:04:15

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chuanghua304

禁蟲 (職業(yè)作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
sunyang1988: 金幣+1, 謝謝交流 2013-12-13 10:17:20
gunther: 金幣+8, ★★★很有幫助, 謝謝熱心回復 2013-12-14 18:29:25

本帖內容被屏蔽

6樓2013-12-11 09:14:38

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gunther

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6樓: Originally posted by chuanghua304 at 2013-12-11 09:14:38
你看到占用內存跟實際上學要的內存不一定相符。另外“NPAR = 2 NCOR = 2”這兩個參數有默認的可以省點內存，但是估計也是杯水車薪。如果你確實測試出來需要這么大的截斷能，建議你換更軟的贗勢。

可能是那個結構有問題，結構的特征是abc夾角很小，我換了另外一個結構，用高精度計算，內存占到80%都沒有問題。

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7樓2013-12-12 08:36:15

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