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yanhuichi金蟲 (小有名氣)
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[求助]
用Gaussian程序基組是6-311++G**計(jì)算得到的兩個原子間重疊積分 已有1人參與
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| 這個基組算出的原子軌道是劈裂的，計(jì)算得到的是劈裂軌道的積分，那么這兩個原子對之間的重疊積分是不是這些劈裂軌道的重疊積分的簡單加和，如果是，那么有沒有簡單的方法。 |
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ptf6
木蟲 (小有名氣)
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2樓2013-12-11 10:03:50
virtualzx
木蟲 (著名寫手)
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3樓2013-12-11 14:39:45
sobereva
至尊木蟲 (著名寫手)
本人已永久離開小木蟲
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+8 2013-12-12 15:18:20
yanhuichi(zhou2009代發(fā)): 金幣+10 2013-12-17 09:58:07
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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yanhuichi(zhou2009代發(fā)): 金幣+10 2013-12-17 09:58:07
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基函數(shù)間重疊積分的加和沒有明確的物理意義，特別是含有彌散函數(shù)的情況。 研究原子間相互作用的方法很多，并不建議計(jì)算本來就沒有明確定義，物理意義也不清楚的原子間重疊積分。 例如，如果想可視化相互作用，可以用RDG方法：《使用Multiwfn研究分子動力學(xué)中的弱相互作用》（http://hi.baidu.com/sobereva/item/bef6c53314d400be124b147f） 也可以用Mayer的能量分解去研究：《Mayer能量分解及APEX4程序使用簡介》（http://hi.baidu.com/sobereva/item/2358dc8bd8e9a5c8b07154de） 也可以用基于AIM理論的IQA方法，例如J. Phys. Chem. A 2013, 117, 8969−8980 也可以計(jì)算鍵級、重疊布居 原子間范德華作用大小也可以通過DFT-D公式：《DFT-D色散校正的使用》（http://hi.baidu.com/sobereva/item/772d38c6e13165d497445243） 原子間靜電作用可以通過原子電荷以庫侖公式方式來計(jì)算 ...等等等等，研究方法甚多，而且早已流行，物理意義也都明確，適用場合各有不同。 如果非要想算所謂的“重疊積分”，一種定義方式是計(jì)算相應(yīng)兩個原子在自由狀態(tài)下的密度的重疊積分。大體過程可以效仿這個帖子：《分子間軌道重疊的圖形顯示和計(jì)算》（ http://hi.baidu.com/sobereva/item/7cc644e165d9b10c65db00ae）。與這個帖子的情況主要區(qū)別在于，兩個片段的波函數(shù)文件替換成你要研究的那兩個原子的球?qū)ΨQ化后的波函數(shù)文件，并且計(jì)算的不是分子軌道格點(diǎn)數(shù)據(jù)，而是電子密度的格點(diǎn)數(shù)據(jù)。具體操作過程在弄明白帖子中操作步驟的原理后，舉一反三一下就會了。（另外值得一提的是，球?qū)ΨQ化后的原子波函數(shù)文件在examples\atoms里都提供了，可以直接利用，用的時候需要手動改一下其中的原子坐標(biāo)成為實(shí)際情況） |
4樓2013-12-12 12:27:28
yanhuichi
金蟲 (小有名氣)
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5樓2013-12-17 09:03:12
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