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yanhuichi金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
用Gaussian程序基組是6-311++G**計(jì)算得到的兩個(gè)原子間重疊積分 已有1人參與
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| 這個(gè)基組算出的原子軌道是劈裂的，計(jì)算得到的是劈裂軌道的積分，那么這兩個(gè)原子對(duì)之間的重疊積分是不是這些劈裂軌道的重疊積分的簡(jiǎn)單加和，如果是，那么有沒(méi)有簡(jiǎn)單的方法。 |
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sobereva
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
本人已永久離開(kāi)小木蟲(chóng)
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+8 2013-12-12 15:18:20
yanhuichi(zhou2009代發(fā)): 金幣+10 2013-12-17 09:58:07
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基函數(shù)間重疊積分的加和沒(méi)有明確的物理意義，特別是含有彌散函數(shù)的情況。 研究原子間相互作用的方法很多，并不建議計(jì)算本來(lái)就沒(méi)有明確定義，物理意義也不清楚的原子間重疊積分。 例如，如果想可視化相互作用，可以用RDG方法：《使用Multiwfn研究分子動(dòng)力學(xué)中的弱相互作用》（http://hi.baidu.com/sobereva/item/bef6c53314d400be124b147f） 也可以用Mayer的能量分解去研究：《Mayer能量分解及APEX4程序使用簡(jiǎn)介》（http://hi.baidu.com/sobereva/item/2358dc8bd8e9a5c8b07154de） 也可以用基于AIM理論的IQA方法，例如J. Phys. Chem. A 2013, 117, 8969−8980 也可以計(jì)算鍵級(jí)、重疊布居 原子間范德華作用大小也可以通過(guò)DFT-D公式：《DFT-D色散校正的使用》（http://hi.baidu.com/sobereva/item/772d38c6e13165d497445243） 原子間靜電作用可以通過(guò)原子電荷以庫(kù)侖公式方式來(lái)計(jì)算 ...等等等等，研究方法甚多，而且早已流行，物理意義也都明確，適用場(chǎng)合各有不同。 如果非要想算所謂的“重疊積分”，一種定義方式是計(jì)算相應(yīng)兩個(gè)原子在自由狀態(tài)下的密度的重疊積分。大體過(guò)程可以效仿這個(gè)帖子：《分子間軌道重疊的圖形顯示和計(jì)算》（ http://hi.baidu.com/sobereva/item/7cc644e165d9b10c65db00ae）。與這個(gè)帖子的情況主要區(qū)別在于，兩個(gè)片段的波函數(shù)文件替換成你要研究的那兩個(gè)原子的球?qū)ΨQ(chēng)化后的波函數(shù)文件，并且計(jì)算的不是分子軌道格點(diǎn)數(shù)據(jù)，而是電子密度的格點(diǎn)數(shù)據(jù)。具體操作過(guò)程在弄明白帖子中操作步驟的原理后，舉一反三一下就會(huì)了。（另外值得一提的是，球?qū)ΨQ(chēng)化后的原子波函數(shù)文件在examples\atoms里都提供了，可以直接利用，用的時(shí)候需要手動(dòng)改一下其中的原子坐標(biāo)成為實(shí)際情況） |
4樓2013-12-12 12:27:28
ptf6
木蟲(chóng) (小有名氣)
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2樓2013-12-11 10:03:50
virtualzx
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3樓2013-12-11 14:39:45
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