chenhua_jsu

銅蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 元素有機(jī)化學(xué)

[求助] 分子優(yōu)化總是出錯，請大家?guī)兔? 已有6人參與

Entering Gaussian System, Link 0=g09
Input=1.gjf
Output=1.log
Initial command:
/public/software/g09/l1.exe /tmp/g09/Gau-5815.inp -scrdir=/tmp/g09/
Entering Link 1 = /public/software/g09/l1.exe PID=    5816.

Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009,2010,
         Gaussian, Inc.  All Rights Reserved.

This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
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the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
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University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
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subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.

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competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------


Cite this work as:
Gaussian 09, Revision B.01,
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R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2010.

******************************************
Gaussian 09:  AM64L-G09RevB.01 12-Aug-2010
            18-Dec-2013
******************************************
%chk=1.chk
-----------------------------------------------------------------
# opt b3lyp/6-31+g(d) scrf=(cpcm,solvent=water) geom=connectivity
-----------------------------------------------------------------
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----------------------------
Untitled ACS Document 1996-1
----------------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  1 Multiplicity = 1
C                   -8.91163 1.5971 -1.69574
C                   -9.40885 0.34374  -1.46622
C                   -8.44269  -0.85429  -1.35001
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H                   0.32425  -3.60562  -1.90374
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H                   2.15991  -3.6301 -0.24173
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H                   7.68857  -4.09088 1.48813
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H                   1.57633  -3.4574 3.45189
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H                   8.12109  -3.67552  -0.15305
H                   -7.00908  -3.29857  -1.36513
C                   -6.05558  -3.05942 0.54502
H                   -5.17287  -2.59474 0.93206
H                   -6.91957  -2.59978 0.97763
H                   -6.04622  -4.1013 0.78852
C                   -4.29173 1.73723  -1.13646
C                   -4.65386 0.85539  -3.52815
H                   -3.35391 1.99617  -1.5818
H                   -4.88836 2.61827  -1.02367
H                   -4.12113 1.29669  -0.1764
H                   -3.7197 0.36391  -3.70333
H                   -5.41455 0.3994 -4.12675
H                   -4.56713 1.88957  -3.78862

End of file reading connectivity.
Error termination via Lnk1e in /public/software/g09/l101.exe at Wed Dec 18 20:32:25 2013.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=
有機(jī)分子，分子結(jié)構(gòu)有點(diǎn)大，我是新手，不懂，最開始以為是我最開始的分子結(jié)構(gòu)畫的有問題，仔細(xì)檢查，沒有問題，但是一直出錯

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1樓 2013-12-18 22:22:17

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jerkwin

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chenhua_jsu: 金幣+10, ★有幫助 2013-12-18 23:26:18

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2樓2013-12-18 22:46:16

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chenhua_jsu

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fish.yfyh

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我這里可以運(yùn)行,
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Initialization pass.
                        ----------------------------
                        ! Initial Parameters !
                        ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                         --------------------------
! Name  Definition             Value       Derivative Info.             !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1 R(1,2)                1.3678       estimate D2E/DX2             !
! R2 R(1,6)                1.5495       estimate D2E/DX2             !
! R3 R(1,39)                1.07          estimate D2E/DX2             !
! R4 R(2,3)                1.5435       estimate D2E/DX2             !
! R5 R(2,40)                1.0703       estimate D2E/DX2             !
! R6 R(3,4)                1.3442       estimate D2E/DX2             !
! R7 R(3,41)                1.0704       estimate D2E/DX2             !
.....

不過, 提示內(nèi)存太小.

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4樓2013-12-18 23:33:57

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槍下游魂

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chenhua_jsu: 金幣+10, ★有幫助 2013-12-19 08:56:32

你用%mem和%nproc指定一下內(nèi)存和并行CPU數(shù)試試看，默認(rèn)內(nèi)存是256MB，對于你這個結(jié)構(gòu)可能偏小，默認(rèn)CPU是1個，算你這個體系比較耗時。另外去scratch里檢查一下route文件里有沒有寫東西，沒有的話可以加入-p-，-m-等指定CPU和內(nèi)存大小，這樣以后除非你在輸入文件里指定了，不然就直接調(diào)用route里的了，比較方便。當(dāng)然前提是你的電腦配置達(dá)到你指定的要求。
關(guān)于geom=connectivity，如果你的分子是GV畫的，可以不用去掉。
另外求64位高斯。。。

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5樓2013-12-19 06:53:51

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chenhua_jsu

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引用回帖:

5樓: Originally posted by 槍下游魂 at 2013-12-19 06:53:51
你用%mem和%nproc指定一下內(nèi)存和并行CPU數(shù)試試看，默認(rèn)內(nèi)存是256MB，對于你這個結(jié)構(gòu)可能偏小，默認(rèn)CPU是1個，算你這個體系比較耗時。另外去scratch里檢查一下route文件里有沒有寫東西，沒有的話可以加入-p-，-m-等指 ...

geom=connectivity,這個沒有影響嗎，我的都是一進(jìn)去就死了，不是比較耗時的問題，大概0.6秒就死了。

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6樓2013-12-19 08:56:16

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槍下游魂

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chenhua_jsu: 金幣+50, ★有幫助 2013-12-25 09:12:16

引用回帖:

6樓: Originally posted by chenhua_jsu at 2013-12-19 08:56:16
geom=connectivity,這個沒有影響嗎，我的都是一進(jìn)去就死了，不是比較耗時的問題，大概0.6秒就死了。...

如果你的分子是GV畫的，默認(rèn)是帶geom=connectivity，你可以打開gjf文件看下，如果在分子坐標(biāo)后面還有分子成鍵描述的，就不要去掉。沒有的話需要去掉。
我指的比較耗時是在正常計(jì)算的情況下。
你一提交就停，問題可能出在輸入文件里，但是一般這種情況報錯信息里會給出的。但是你的這種情況并沒有給出，那么我建議先掉大內(nèi)存試試看。

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7樓2013-12-19 10:03:21

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changhui1986

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在安裝Gaussian軟件時要將內(nèi)存1G的改成64MW，2G的改為128mw,Maxdisk改為6GB，這樣gaussian就不易中斷。再個就是看看你的內(nèi)存是否太低。

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逍遙任我行

8樓2013-12-19 12:22:20

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dreamyeye

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b把generate 面板里的write connectivity前面的對號去掉就沒有 geom=connectivity了，如果有g(shù)eom=connectivity，則文件的末尾必須有好幾行數(shù)字來說明各原子之間的鏈接關(guān)系才行，要么都有，要么都沒有。

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9樓2013-12-19 13:35:34

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fzliyang

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10樓2013-12-19 15:51:45

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