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找過渡態(tài)時(shí)為什么命令語(yǔ)句中有“geometry=connectivity,或nosystem”就不能執(zhí)行任務(wù)？
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| 如題，試著找過渡態(tài)，命令中添加上“geometry=connectivity,或nosystem”，提交作業(yè)后就顯示”C“。為什么呢？歡迎交流！ |
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2樓2013-12-19 16:13:56
userhung
禁蟲 (文學(xué)泰斗)
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3樓2013-12-19 16:40:00
zhou2009
版主 (著名寫手)
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
gmy1990: 金幣+2 2013-12-19 20:53:14
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gmy1990: 金幣+2 2013-12-19 20:53:14
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geometry=connectivity 對(duì)此zhangmt專家顧問說： ————事實(shí)上，量化計(jì)算時(shí)不考慮所謂的鏈接關(guān)系表，那個(gè)geometry=connectivity僅在動(dòng)力學(xué)模擬以及半經(jīng)驗(yàn)計(jì)算時(shí)，才會(huì)考察。而在量化計(jì)算中，是起不到任何作用的。他的問題之所以出錯(cuò)，可能是他雖然在命令行里寫了geometry=connectivity，可是后面坐標(biāo)之后可能沒有寫這段連接關(guān)系表，或者刪掉了，所以程序讀數(shù)據(jù)時(shí)出錯(cuò)。或者，他在命令行里，前面有類似于genecp之類的同樣要讀附加信息的命令，程序可能會(huì)把連接關(guān)系表當(dāng)成贗勢(shì)來讀，也會(huì)出錯(cuò)�？傊�，在量化計(jì)算中，寫geometry=connectivity以及后面保留鏈接關(guān)系表，都是一個(gè)愚蠢無用的做法。 nosystem 對(duì)此zhangmt專家顧問說： ————根本就沒有nosystem這個(gè)關(guān)鍵詞。那個(gè)對(duì)稱性的英文是symmetry, 禁止對(duì)稱性應(yīng)寫作nosymmetry, 或者簡(jiǎn)寫成nosymm都可以，但是胡亂寫成nosystem的，就是胡說八道了，當(dāng)然會(huì)報(bào)錯(cuò)。事實(shí)上，在尋找TS的過程中，完全可以nosymm，沒問題的。。nosymmetry強(qiáng)迫程序不去考慮對(duì)稱性，會(huì)加大運(yùn)算量，增加運(yùn)算時(shí)間，但在特定的情況下，有時(shí)候會(huì)找到限制對(duì)稱性所找不到的過渡態(tài)（如你所言），同樣在特定的情況下，也會(huì)造成應(yīng)該找到的特定過渡態(tài)反而找不到了。 [ Last edited by zhou2009 on 2013-12-20 at 07:39 ] |
4樓2013-12-19 17:36:43
5樓2013-12-20 08:17:46
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