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vallen銀蟲 (正式寫手)
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[求助]
用gromacs做pulling MD 分子不動(dòng)怎么回事？ 已有1人參與
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想做PMF，看了網(wǎng)上的例子，要先用pulling得到用于PMF計(jì)算的初始構(gòu)型 定義了兩組分子 MOL1 MOL2， 其中MOL1不動(dòng)，拉MOL2，運(yùn)行了200ps，MOL2就是不動(dòng)，這是怎么回事？ pull參數(shù)如下 ; Pull code pull = umbrella pull_geometry = distance ; simple distance increase pull_dim = N N Y pull_start = yes pull_ngroups = 1 pull_group0 = MOL1 pull_group1 = MOL2 pull_rate1 = 0.01 ; 0.01 nm per ps = 10 nm per ns pull_k1 = 1000 ; kJ mol^-1 nm^-2 |
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2樓2013-12-21 23:31:44
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