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[交流] 關(guān)于引物的基本概念

做分子也有一段時間了，可是今天突然恍惚了，發(fā)現(xiàn)自己很多最基本的概念都搞不清出，上網(wǎng)查，發(fā)現(xiàn)也很混亂，關(guān)于引物的一些概念，請各位大蝦指點：
1、上游引物、正向引物、正義引物是不是同一概念？
2、有人說“上游引物與正向序列也就是正義鏈的序列是相同的，下游引物與正義鏈反相互補及與反義鏈相同�！笨墒俏疫€查到有說“與mRNA相同的引物為正義引物，而與其互補的是反義引物。”這兩種說法正好相反吧，究竟哪個是對的？

還有今天看到一個很早之前別人發(fā)的帖子，問題最終沒有解決，在這里各位大神討論一下吧：
如果設(shè)計一個引物與模板鏈互補（注意不是反向互補），那么它能與模板鏈結(jié)合，并完成延伸嗎？
舉個例子：模板鏈：5'-ACTTGACGTGCATCG
引物（隨便寫的，僅供分析該例）5'-CTGCACGT

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1樓 2013-12-25 15:29:41

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gyesang

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gyesang: 回帖置頂 2014-01-29 16:20:27

1、上游引物、正向引物、正義引物是同一概念
英文名叫: forward and Reverse primer
sense and anti-sense primer
Upper and Lower primer
這些說法都是正確的

2、有人說“上游引物與正向序列也就是正義鏈的序列是相同的，下游引物與正義鏈反相互補及與反義鏈相同。”可是我還查到有說“與mRNA相同的引物為正義引物，而與其互補的是反義引物�！边@兩種說法正好相反吧，究竟哪個是對的？
所謂正義鏈就是與mRNA序列（U替換為T）相同的DNA鏈為正義鏈或者有義鏈，所以兩個說法是同一個意思，沒有相反的意思在里面

3、如果設(shè)計一個引物與模板鏈互補（注意不是反向互補），那么它能與模板鏈結(jié)合，并完成延伸嗎？
舉個例子：模板鏈：5'-ACTTGACGTGCATCG
引物（隨便寫的，僅供分析該例）5'-CTGCACGT

互補的序列在哪里呢？請明示

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7樓2013-12-26 15:10:50

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sj082csh

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gyesang: 金幣+2, 鼓勵交流！ 2013-12-26 15:03:47

1、一般都以mRNA為基準，而且引物的方向為5’→3'，引物若與mRNA序列相同，即在正義鏈（就DNA來說，也叫編碼鏈）上，則是正向引物，而反向引物與mRNA序列是反向互補的，在反義鏈上（就DNA來說，也叫模板鏈）；你說的這幾個名稱應(yīng)是同一概念；
2、“與mRNA相同的引物為正義引物，而與其互補的是反義引物”這一句的后半句應(yīng)該是漏掉了反向兩字，應(yīng)是“反向互補”

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2樓2013-12-25 17:46:29

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cicelyzh

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檸檬可樂星: 金幣+2 2013-12-26 14:59:22
gyesang: 金幣+2, 鼓勵交流！ 2013-12-26 15:03:55

我沒弄清楚你到底在糾結(jié)什么。
1. 應(yīng)該是相同的。
2. 你說的兩個說法都是對的。正義鏈有基因編碼信息，與mRNA的序列相同，轉(zhuǎn)錄時不作為模板。反義鏈與正義鏈反向互補，轉(zhuǎn)錄mRNA的模板鏈。上游引物或者正義引物是與mRNA序列一致的，它在PCR擴增時是與反義鏈配對。
你舉的例子有問題，無法做分析。

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3樓2013-12-26 03:54:18

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jurkat.1640

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檸檬可樂星: 金幣+1 2013-12-26 14:59:16
gyesang: 金幣+2, 鼓勵交流！ 2013-12-26 15:04:01

上游引物不清楚，我想是在基因正義鏈上游

正義鏈序列與mRNA序列一致，模板鏈是負鏈。Forward引物擴增出正鏈，Reverse引物擴增出負鏈。

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5樓2013-12-26 13:58:19

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給位大俠的講解很清楚了，我想我已經(jīng)明白了，但還是想最后確定一下，傳的圖是我在網(wǎng)上看到的，他很肯定的說是從教科書上總結(jié)來的，但現(xiàn)在看來應(yīng)該是錯誤的吧，請大蝦們再幫我確定下

F04K]I2Z6MII4)IWKGNOM8E.jpg

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6樓2013-12-26 15:02:53

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引用回帖:

7樓: Originally posted by gyesang at 2013-12-26 15:10:50
1、上游引物、正向引物、正義引物是同一概念
英文名叫: forward and Reverse primer
sense and anti-sense primer
Upper and Lower primer
這些說法都是正確的

2、有人說“上 ...

關(guān)于第3個問題，好像是我搞錯了，例子舉得不恰當(dāng)，我以為引物序列5'-CTGCACGT和模板鏈從5'端第5個堿基開始是互補關(guān)系呢

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8樓2013-12-26 16:29:09

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gyesang

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8樓: Originally posted by 檸檬可樂星 at 2013-12-26 16:29:09
關(guān)于第3個問題，好像是我搞錯了，例子舉得不恰當(dāng)，我以為引物序列5'-CTGCACGT和模板鏈從5'端第5個堿基開始是互補關(guān)系呢...

方向錯誤，沒有5‘和5’互補的

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9樓2013-12-27 00:32:12

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9樓: Originally posted by gyesang at 2013-12-27 00:32:12
方向錯誤，沒有5‘和5’互補的...

您說的是反向互補吧？
比如5'-ATTGC
它的互補鏈不是5'-TAACG嗎？
反向互補才是5’-GCAAT吧？

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10樓2013-12-27 08:53:52

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10樓: Originally posted by 檸檬可樂星 at 2013-12-27 08:53:52
您說的是反向互補吧？
比如5'-ATTGC
它的互補鏈不是5'-TAACG嗎？
反向互補才是5’-GCAAT吧？...

互補鏈是3'-TAACG 好吧

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11樓2013-12-27 14:56:14

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sjmr12214樓

2013-12-26 08:22 回復(fù)

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