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[交流] 關(guān)于引物的基本概念

做分子也有一段時(shí)間了，可是今天突然恍惚了，發(fā)現(xiàn)自己很多最基本的概念都搞不清出，上網(wǎng)查，發(fā)現(xiàn)也很混亂，關(guān)于引物的一些概念，請(qǐng)各位大蝦指點(diǎn)：
1、上游引物、正向引物、正義引物是不是同一概念？
2、有人說(shuō)“上游引物與正向序列也就是正義鏈的序列是相同的，下游引物與正義鏈反相互補(bǔ)及與反義鏈相同。”可是我還查到有說(shuō)“與mRNA相同的引物為正義引物，而與其互補(bǔ)的是反義引物�！边@兩種說(shuō)法正好相反吧，究竟哪個(gè)是對(duì)的？

還有今天看到一個(gè)很早之前別人發(fā)的帖子，問(wèn)題最終沒(méi)有解決，在這里各位大神討論一下吧：
如果設(shè)計(jì)一個(gè)引物與模板鏈互補(bǔ)（注意不是反向互補(bǔ)），那么它能與模板鏈結(jié)合，并完成延伸嗎？
舉個(gè)例子：模板鏈：5'-ACTTGACGTGCATCG
引物（隨便寫(xiě)的，僅供分析該例）5'-CTGCACGT

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1樓 2013-12-25 15:29:41

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gyesang

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gyesang: 回帖置頂 2014-01-29 16:20:27

1、上游引物、正向引物、正義引物是同一概念
英文名叫: forward and Reverse primer
sense and anti-sense primer
Upper and Lower primer
這些說(shuō)法都是正確的

2、有人說(shuō)“上游引物與正向序列也就是正義鏈的序列是相同的，下游引物與正義鏈反相互補(bǔ)及與反義鏈相同�！笨墒俏疫€查到有說(shuō)“與mRNA相同的引物為正義引物，而與其互補(bǔ)的是反義引物�！边@兩種說(shuō)法正好相反吧，究竟哪個(gè)是對(duì)的？
所謂正義鏈就是與mRNA序列（U替換為T(mén)）相同的DNA鏈為正義鏈或者有義鏈，所以?xún)蓚€(gè)說(shuō)法是同一個(gè)意思，沒(méi)有相反的意思在里面

3、如果設(shè)計(jì)一個(gè)引物與模板鏈互補(bǔ)（注意不是反向互補(bǔ)），那么它能與模板鏈結(jié)合，并完成延伸嗎？
舉個(gè)例子：模板鏈：5'-ACTTGACGTGCATCG
引物（隨便寫(xiě)的，僅供分析該例）5'-CTGCACGT

互補(bǔ)的序列在哪里呢？請(qǐng)明示

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7樓2013-12-26 15:10:50

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sj082csh

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gyesang: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2013-12-26 15:03:47

1、一般都以mRNA為基準(zhǔn)，而且引物的方向?yàn)?’→3'，引物若與mRNA序列相同，即在正義鏈（就DNA來(lái)說(shuō)，也叫編碼鏈）上，則是正向引物，而反向引物與mRNA序列是反向互補(bǔ)的，在反義鏈上（就DNA來(lái)說(shuō)，也叫模板鏈）；你說(shuō)的這幾個(gè)名稱(chēng)應(yīng)是同一概念；
2、“與mRNA相同的引物為正義引物，而與其互補(bǔ)的是反義引物”這一句的后半句應(yīng)該是漏掉了反向兩字，應(yīng)是“反向互補(bǔ)”

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2樓2013-12-25 17:46:29

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cicelyzh

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gyesang: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2013-12-26 15:03:55

我沒(méi)弄清楚你到底在糾結(jié)什么。
1. 應(yīng)該是相同的。
2. 你說(shuō)的兩個(gè)說(shuō)法都是對(duì)的。正義鏈有基因編碼信息，與mRNA的序列相同，轉(zhuǎn)錄時(shí)不作為模板。反義鏈與正義鏈反向互補(bǔ)，轉(zhuǎn)錄mRNA的模板鏈。上游引物或者正義引物是與mRNA序列一致的，它在PCR擴(kuò)增時(shí)是與反義鏈配對(duì)。
你舉的例子有問(wèn)題，無(wú)法做分析。

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3樓2013-12-26 03:54:18

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jurkat.1640

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gyesang: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2013-12-26 15:04:01

上游引物不清楚，我想是在基因正義鏈上游

正義鏈序列與mRNA序列一致，模板鏈?zhǔn)秦?fù)鏈。Forward引物擴(kuò)增出正鏈，Reverse引物擴(kuò)增出負(fù)鏈。

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5樓2013-12-26 13:58:19

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給位大俠的講解很清楚了，我想我已經(jīng)明白了，但還是想最后確定一下，傳的圖是我在網(wǎng)上看到的，他很肯定的說(shuō)是從教科書(shū)上總結(jié)來(lái)的，但現(xiàn)在看來(lái)應(yīng)該是錯(cuò)誤的吧，請(qǐng)大蝦們?cè)賻臀掖_定下

F04K]I2Z6MII4)IWKGNOM8E.jpg

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6樓2013-12-26 15:02:53

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7樓: Originally posted by gyesang at 2013-12-26 15:10:50
1、上游引物、正向引物、正義引物是同一概念
英文名叫: forward and Reverse primer
sense and anti-sense primer
Upper and Lower primer
這些說(shuō)法都是正確的

2、有人說(shuō)“上 ...

關(guān)于第3個(gè)問(wèn)題，好像是我搞錯(cuò)了，例子舉得不恰當(dāng)，我以為引物序列5'-CTGCACGT和模板鏈從5'端第5個(gè)堿基開(kāi)始是互補(bǔ)關(guān)系呢

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8樓2013-12-26 16:29:09

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8樓: Originally posted by 檸檬可樂(lè)星 at 2013-12-26 16:29:09
關(guān)于第3個(gè)問(wèn)題，好像是我搞錯(cuò)了，例子舉得不恰當(dāng)，我以為引物序列5'-CTGCACGT和模板鏈從5'端第5個(gè)堿基開(kāi)始是互補(bǔ)關(guān)系呢...

方向錯(cuò)誤，沒(méi)有5‘和5’互補(bǔ)的

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9樓2013-12-27 00:32:12

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9樓: Originally posted by gyesang at 2013-12-27 00:32:12
方向錯(cuò)誤，沒(méi)有5‘和5’互補(bǔ)的...

您說(shuō)的是反向互補(bǔ)吧？
比如5'-ATTGC
它的互補(bǔ)鏈不是5'-TAACG嗎？
反向互補(bǔ)才是5’-GCAAT吧？

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10樓2013-12-27 08:53:52

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10樓: Originally posted by 檸檬可樂(lè)星 at 2013-12-27 08:53:52
您說(shuō)的是反向互補(bǔ)吧？
比如5'-ATTGC
它的互補(bǔ)鏈不是5'-TAACG嗎？
反向互補(bǔ)才是5’-GCAAT吧？...

互補(bǔ)鏈?zhǔn)?'-TAACG 好吧

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11樓2013-12-27 14:56:14

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sjmr12214樓

2013-12-26 08:22 回復(fù)

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