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嘟嘟噠金蟲 (小有名氣)
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[求助]
求助一個(gè)蛋白結(jié)構(gòu)模擬方面的問題 已有6人參與
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| 實(shí)驗(yàn)需要，我設(shè)計(jì)了一段氨基酸序列，想預(yù)測它所表達(dá)的蛋白結(jié)構(gòu)，不知道分子模擬軟件能否預(yù)測，如果可以，有沒有什么簡單易操作的軟件，畢竟在這方面是外行。謝謝，謝謝，非常感謝！！ |
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lkui486
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同學(xué)你好你是想模擬由氨基酸組裝為蛋白質(zhì)的過程？這是有難度的。單純的計(jì)算發(fā)的paper就不低。你要從一個(gè)一維結(jié)構(gòu)到三級(jí)甚至四級(jí)結(jié)構(gòu)是一個(gè)分子動(dòng)力學(xué)的過程。這個(gè)首先得有服務(wù)器來算。PC是不可能的。另外你得有正版軟件。比如DS。這個(gè)計(jì)算沒有個(gè)幾百個(gè)核是很難跑的。所以你得先做評(píng)估。當(dāng)然本研究室具備這樣的計(jì)算能力和水平。所以如果能共同通訊合作發(fā)paper可以幫你算。你可以先考慮一下。 [ 發(fā)自小木蟲客戶端 ] |
2樓2013-12-28 00:37:43
iovvoi
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6樓2014-01-03 16:56:14
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月只藍(lán): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流！ 2014-05-31 20:45:43
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先看序列長度 然后先看看二級(jí)結(jié)構(gòu) 很小的話用一些模擬小分子的軟件 一般的話先BLAST找有沒有同源序列 如果有可以當(dāng)做模板 或者是分段模板 如果只是簡單預(yù)測不用跑分子動(dòng)力學(xué) 基本上MODELLER就可以 雖然是代碼其實(shí)也不難 TUTORIAL寫的很詳細(xì) 而且本身包括小的動(dòng)力學(xué)模擬 SWISSMODEL有在線全自動(dòng)版本的 也很簡單 輸入序列直接等結(jié)果（前提是能同源模建） 其他一些軟件可以參考http://en.wikipedia.org/wiki/Pro ... prediction_software 如果是序列很長 拆分一下 LOOP先不用管 看看有么有DOMAIN |
7樓2014-01-11 08:41:08
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