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[求助]
請(qǐng)教做MD計(jì)算時(shí)，蛋白質(zhì)分子有一部分跑出水盒子
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蛋白質(zhì)分子水溶劑中的分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算。 用solvateOct 給初始結(jié)構(gòu)加了一個(gè)八面體的水盒子。溶劑厚度是 9 埃（12的也試了）。 進(jìn)行minization之后，在對(duì)溶劑做平衡化計(jì)算后，通過VMD觀看發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)分子有部分跑出水盒子。 如圖：  后來試著用solvateBox 加了一個(gè)同樣厚度為9的六面體水盒子，用同樣的輸入文件計(jì)算后，蛋白質(zhì)分子沒有跑出來。 到底是怎么回事 ？難道在用八面體的時(shí)候還有別的設(shè)定要加么？ 下面貼初我的輸入文件 ＃min.mdin &cntrl imin = 1, cut = 9.0, igb =0, ntb =1, ncyc = 200, maxcyc = 1000, ntc = 1, ntf =1, / # solvent_relax.mdin olvent equilibration for 10ps &cntrl nstlim = 50000, dt = 0.002, ntt = 1, ntb = 2, ntp = 1, temp0 = 300, ntc = 2, ntf = 2, ntpr = 1, ntwx = 1, iwrap = 1, ntr = 1, restraint_wt = 20.0 restraintmask = ' :1-142', / |
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2樓2011-08-05 07:37:27
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liqingwen
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4樓2011-08-06 12:13:19
5樓2011-08-06 16:12:06
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1，初始態(tài)蛋白分子在水盒子里，能量最小化（maxcyc=1000）后，還完全在水盒子里面。 固定溶質(zhì)對(duì)溶媒做完平衡化計(jì)算后（solvent equilibration for 10ps，nstlim=50000）,用VMD導(dǎo)入mdcrd觀看發(fā)現(xiàn)從nstep1開始就已經(jīng)跑出來了，很奇怪！（個(gè)人覺得要是跑出來也該慢慢跑出啊，第一步就跑出不能理解，懷疑我哪里做錯(cuò)了，因?yàn)槲沂切率譀]經(jīng)驗(yàn)，input文件都是按教程來寫的） 2，如何檢查周期性邊界中心是否在體系中心？ 3，蛋白分子跑出來之后，后面的productionMD計(jì)算結(jié)束后(時(shí)間5ns，更長的計(jì)算沒有進(jìn)行怕前面要是有問題后面就白做了。)，還在外面沒有回到水盒子里的跡象。 |
6樓2011-08-08 11:15:51
liqingwen
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【答案】應(yīng)助回帖
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ghcacj(金幣+2): 謝謝 2011-08-10 20:59:39
jackyma(金幣+1): 謝謝回復(fù)，追問一下，如何measure體系中心？在leap里用命令測(cè)，還是在MD階段在input文件里指定參數(shù)？ 2011-10-11 15:32:00
ghcacj(金幣+2): 謝謝 2011-08-10 20:59:39
jackyma(金幣+1): 謝謝回復(fù)，追問一下，如何measure體系中心？在leap里用命令測(cè)，還是在MD階段在input文件里指定參數(shù)？ 2011-10-11 15:32:00
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"如何檢查周期性邊界中心是否在體系中心？" 可以measure一下體系的中心，看是否是PBC的中心。 PS：你事先不知道不知道體系的中心，那你PBC的中心是如何確定的呢？ 再者，沒解決蛋白質(zhì)跑出來的問題前，不做長時(shí)間的MD是比較理智的，呵呵 |
7樓2011-08-10 12:03:34
8樓2013-04-06 15:36:04
hubenben1989
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VMD的軟件可以直接到官網(wǎng)上下載。地址是：http://www.ks.uiuc.edu/Developme ... cgi?PackageName=VMD。首次下載時(shí)隨便拿個(gè)郵箱注冊(cè)下就行了。Windows版本的，像安裝QQ什么的安裝就行了。要是你需要的是LINUX版本的，我可以發(fā)給你，也可以告訴你怎么安裝。  |
9樓2013-04-07 09:53:12
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10樓2014-09-23 14:29:47
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