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[求助]
請(qǐng)教做MD計(jì)算時(shí)，蛋白質(zhì)分子有一部分跑出水盒子
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蛋白質(zhì)分子水溶劑中的分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算。 用solvateOct 給初始結(jié)構(gòu)加了一個(gè)八面體的水盒子。溶劑厚度是 9 埃（12的也試了）。 進(jìn)行minization之后，在對(duì)溶劑做平衡化計(jì)算后，通過(guò)VMD觀看發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)分子有部分跑出水盒子。 如圖：  后來(lái)試著用solvateBox 加了一個(gè)同樣厚度為9的六面體水盒子，用同樣的輸入文件計(jì)算后，蛋白質(zhì)分子沒(méi)有跑出來(lái)。 到底是怎么回事 ？難道在用八面體的時(shí)候還有別的設(shè)定要加么？ 下面貼初我的輸入文件 ＃min.mdin &cntrl imin = 1, cut = 9.0, igb =0, ntb =1, ncyc = 200, maxcyc = 1000, ntc = 1, ntf =1, / # solvent_relax.mdin olvent equilibration for 10ps &cntrl nstlim = 50000, dt = 0.002, ntt = 1, ntb = 2, ntp = 1, temp0 = 300, ntc = 2, ntf = 2, ntpr = 1, ntwx = 1, iwrap = 1, ntr = 1, restraint_wt = 20.0 restraintmask = ' :1-142', / |
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liqingwen
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
ghcacj(金幣+2): 謝謝 2011-08-10 20:59:39
jackyma(金幣+1): 謝謝回復(fù)，追問(wèn)一下，如何measure體系中心？在leap里用命令測(cè)，還是在MD階段在input文件里指定參數(shù)？ 2011-10-11 15:32:00
ghcacj(金幣+2): 謝謝 2011-08-10 20:59:39
jackyma(金幣+1): 謝謝回復(fù)，追問(wèn)一下，如何measure體系中心？在leap里用命令測(cè)，還是在MD階段在input文件里指定參數(shù)？ 2011-10-11 15:32:00
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"如何檢查周期性邊界中心是否在體系中心？" 可以measure一下體系的中心，看是否是PBC的中心。 PS：你事先不知道不知道體系的中心，那你PBC的中心是如何確定的呢？ 再者，沒(méi)解決蛋白質(zhì)跑出來(lái)的問(wèn)題前，不做長(zhǎng)時(shí)間的MD是比較理智的，呵呵 |
7樓2011-08-10 12:03:34
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3樓2011-08-05 14:04:17
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