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請教做MD計算時，蛋白質分子有一部分跑出水盒子
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蛋白質分子水溶劑中的分子動力學計算。 用solvateOct 給初始結構加了一個八面體的水盒子。溶劑厚度是 9 埃（12的也試了）。 進行minization之后，在對溶劑做平衡化計算后，通過VMD觀看發(fā)現(xiàn)蛋白質分子有部分跑出水盒子。 如圖：  后來試著用solvateBox 加了一個同樣厚度為9的六面體水盒子，用同樣的輸入文件計算后，蛋白質分子沒有跑出來。 到底是怎么回事 ？難道在用八面體的時候還有別的設定要加么？ 下面貼初我的輸入文件 ＃min.mdin &cntrl imin = 1, cut = 9.0, igb =0, ntb =1, ncyc = 200, maxcyc = 1000, ntc = 1, ntf =1, / # solvent_relax.mdin olvent equilibration for 10ps &cntrl nstlim = 50000, dt = 0.002, ntt = 1, ntb = 2, ntp = 1, temp0 = 300, ntc = 2, ntf = 2, ntpr = 1, ntwx = 1, iwrap = 1, ntr = 1, restraint_wt = 20.0 restraintmask = ' :1-142', / |
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5樓2011-08-06 16:12:06
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1，初始態(tài)蛋白分子在水盒子里，能量最小化（maxcyc=1000）后，還完全在水盒子里面。 固定溶質對溶媒做完平衡化計算后（solvent equilibration for 10ps，nstlim=50000）,用VMD導入mdcrd觀看發(fā)現(xiàn)從nstep1開始就已經跑出來了，很奇怪�。▊�人覺得要是跑出來也該慢慢跑出啊，第一步就跑出不能理解，懷疑我哪里做錯了，因為我是新手沒經驗，input文件都是按教程來寫的） 2，如何檢查周期性邊界中心是否在體系中心？ 3，蛋白分子跑出來之后，后面的productionMD計算結束后(時間5ns，更長的計算沒有進行怕前面要是有問題后面就白做了。)，還在外面沒有回到水盒子里的跡象。 |
6樓2011-08-08 11:15:51
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VMD的軟件可以直接到官網(wǎng)上下載。地址是：http://www.ks.uiuc.edu/Developme ... cgi?PackageName=VMD。首次下載時隨便拿個郵箱注冊下就行了。Windows版本的，像安裝QQ什么的安裝就行了。要是你需要的是LINUX版本的，我可以發(fā)給你，也可以告訴你怎么安裝。  |
9樓2013-04-07 09:53:12
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