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xueyiran2007銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
MS生成Lammps的data文件，文件中原子的類型和順序并不是自己想要的，請(qǐng)問(wèn)如何修改？ 已有2人參與
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我利用MS建立了水在鐵表面的模型，并導(dǎo)出data文件，但發(fā)現(xiàn)文件里H, O的原子類型分別有兩種，而且H.O的atom ID也不符合Lammps的要求， Lammps要求1個(gè)O后面跟2個(gè)H，但我的data文件中H,O的atom ID并不是按照這個(gè)規(guī)律來(lái)的，請(qǐng)問(wèn)大神，這種情況怎么處理��？萬(wàn)分感激！ 請(qǐng)各位大神幫小弟一把啊 Lammps中的H,O規(guī)定如下： the atom IDs for the O and 2 H atoms must be consecutive, with the O atom first. This is to enable LAMMPS to "find" the 2 H atoms associated with each O atom. For example, if the atom ID of an O atom in a TIP4P water molecule is 500, then its 2 H atoms must have IDs 501 and 502. 我的data文件如下， 5437 atoms 3136 bonds 1571 angles 6 dihedrals 0 impropers 5 atom types 3 bond types 2 angle types 1 dihedral types 6.514843568 92.404843568 xlo xhi -0.483828184 5.242171816 ylo yhi 1.713492553 58.973492553 zlo zhi Masses 1 55.847000 2 15.999400 3 15.999400 4 1.007970 5 1.007970 ################################ 問(wèn)題1：通過(guò)Masses可以看到，這里H,O的atom type分別有2種，這是怎么回事？如何修改？ Atoms # full 2290 1 2 -0.820000 68.712000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2291 1 2 -0.820000 70.143500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2292 1 2 -0.820000 71.575000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2293 1 2 -0.820000 73.006500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2294 1 2 -0.820000 74.438000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2295 1 2 -0.820000 75.869500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2296 1 2 -0.820000 77.301000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2297 1 2 -0.820000 78.732500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2298 1 2 -0.820000 80.164000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2299 1 2 -0.820000 81.595500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2300 1 2 -0.820000 83.027000000 2.863000000 54.397000000 0 0 0 # o* 2301 1 2 -0.820000 84.458500000 4.294500000 55.828500000 0 0 0 # o* 2302 1 4 0.410000 52.595500374 2.171500101 19.349500101 0 0 0 # h* 2303 1 4 0.410000 54.075500010 1.431500000 18.609500000 0 0 0 # h* 2304 1 4 0.410000 55.458500374 2.171500101 19.349500101 0 0 0 # h* 2305 1 4 0.410000 56.938500010 1.431500000 18.609500000 0 0 0 # h* 2306 1 4 0.410000 58.321500374 2.171500101 19.349500101 0 0 0 # h* 2307 1 4 0.410000 59.801500010 1.431500000 18.609500000 0 0 0 # h* 2308 1 4 0.410000 61.184500374 2.171500101 19.349500101 0 0 0 # h* 2309 1 4 0.410000 62.664500010 1.431500000 18.609500000 0 0 0 # h* 2310 1 4 0.410000 64.047500374 2.171500101 19.349500101 0 0 0 # h* 2311 1 4 0.410000 65.527500010 1.431500000 18.609500000 0 0 0 # h* ################################################### 問(wèn)題2：這里H,O的排列并不符合lammps的要求，請(qǐng)問(wèn)各位大神，如何修改H,O的排列順序？ |
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3樓2014-01-11 00:23:25
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月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2014-01-10 19:35:54
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看見(jiàn)回/看低的帖子就忍不住留個(gè)名。 我也是新手，見(jiàn)聞?dòng)邢�，求指點(diǎn)。 H,O的atom type分別有2種，這個(gè)跟具體模型有關(guān)。有的時(shí)候?yàn)榱朔謌roup或是設(shè)勢(shì)函數(shù)方便，不同位置同種原子可以設(shè)不一樣的atom type。 改排列或許可以試個(gè)土辦法，用matlab讀取文本，再編程調(diào)整，例如對(duì)每個(gè)O搜索距離最近的兩個(gè)H，再把信息挨著放。 |
2樓2014-01-10 17:00:14
xueyiran2007
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4樓2014-01-11 03:40:18
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5樓2014-01-12 08:36:55
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