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hongxiaoyu銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
關于Autodock修改金屬參數(shù)以及如何提高精度，降低RMSD值的問題......
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這個好像不少人問過，但是看了好多回答還是不大懂...求大牛指教 我已經(jīng)能成功對接了，但是修改的只有電荷的參數(shù)，在pdbqt文件中—— 根據(jù)文獻把Zn離子的電荷從0.0變成0.95e了... 但是，文獻中還給了其他的參數(shù)，比如原子半徑之類的，這些應該在哪兒改了？還是說Autodock4不需要修改這些了么？ 此外，根據(jù)重對接的結果，RMSD值能量最優(yōu)的那個構想和參比分子達到了2.5.... 雖然在生成50個構想中有RMSD小于2的，但是看對接結果的好壞，是不是以最優(yōu)的構想作為標準來看？.....所以RMSD是不是大了點？ 那么如果要做的更好的話，減少RMSD值的話，需要調整哪些參數(shù)呢？ 真心的請教大牛..本人新人一只///謝謝啦 |
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