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zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

[資源] 使用gfortan，openmpi以及BLAS, BLACS, Lapack, Scalapack編譯SIESTA 已有1人參與

1.編譯openmpi (http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/)
(1)
./configure --prefix=/home/x_guazh/software/openmpi-1.6.5 CC=gcc CXX=g++ F77=gfortran FC=gfortran
(3)
make all install
(4)
打開 ~/.bashrc 添加環(huán)境變量:
export PATH=/home/x_guazh/software/openmpi-1.6.5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH= /home/x_guazh/software/openmpi-1.6.5/lib: $LD_LIBRARY_PATH
(5)
source ~/.bashrc

2.編譯Lapack (http://www.netlib.org/lapack)
(1)
cp make.inc.example  make.inc
然后編輯Makefile，找到lib選項(xiàng)，編輯為：
lib: lapacklib blaslib lapackelib tmglib variants
這樣就把所有的東西都編譯出來，默認(rèn)是不編譯blas的
(2)
make
這樣在目錄下就會(huì)出來：
liblapack.a, blaslib.a, lapackelib.a, tmglib.a
3.編譯BLACS
(1)
下載MPIBLACS: http://www.netlib.org/blacs/mpiblacs.tgz
下載補(bǔ)�。�http://www.netlib.org/blacs/mpiblacs-patch03.tgz
(2)
tar -zxvf mpiblacs.tgz
tar -zxvf mpiblacs-patch03.tgz
(3)
cd BLACS
cp BMAKES/Bmake.MPI-LINUX  ./Bmake.inc
(4)
vi Bmake.inc (參見：http://www.open-mpi.org/faq/?category=mpi-apps#blacs)

# Section 1:
BTOPdir = /home/x_guazh/software/BLACS
COMMLIB = MPI
# Ensure to use MPI for the communication layer
COMMLIB = MPI
# The MPIINCdir macro is used to link in mpif.h and
# must contain the location of Open MPI's mpif.h.
# The MPILIBdir and MPILIB macros are irrelevant
# and should be left empty.
MPIdir = /home/x_guazh/software/openmpi-1.6.5-gnu
MPILIBdir =
MPIINCdir = $(MPIdir)/include
MPILIB =
# Section 2:
SYSINC =
INTFACE = -Df77IsF2C
SENDIS =
BUFF =
TRANSCOMM = -DUseMpi2
WHATMPI =
SYSERRORS =

# Section 3:
# You may need to specify the full path to
# mpif77 / mpicc if they aren't already in
# your path.
F77          = mpif77
F77LOADFLAGS =
CC          = mpicc
CCLOADFLAGS =
(4) make mpi
編譯完成后，在LIB下面出現(xiàn)：
blacsCinit_MPI-LINUX-0.a
blacsF77init_MPI-LINUX-0.a
blacs_MPI-LINUX-0.a

4.編譯scalapack
參見：http://www.open-mpi.org/faq/?category=mpi-apps#scalapack
(1)
下載：http://www.netlib.org/scalapack/scalapack-2.0.2.tgz
(2)
tar zxvf scalapack-2.0.2.tgz
(3)
cd scalapack-2.0.2
(4)
cp SLmake.inc.example SLmake.inc
(5)
vi SLmake.inc
2.0.2版本的文件設(shè)置比較簡單

BLASLIB    = /home/x_guazh/software/lapack-3.5.0/librefblas.a
LAPACKLIB    = /home/x_guazh/software/lapack-3.5.0/liblapack.a

5.編譯siesta
把上面得到的.a文件全部拷到一個(gè)文件中，方便使用，比如~/software/lib
librefblas.a
liblapack.a
blacsCinit_MPI-LINUX-0.a
blacs_MPI-LINUX-0.a
blacsF77init_MPI-LINUX-0.a
libscalapack.a

part of arch.make:

FFLAGS= -ftree-vectorize -O3
FFLAGS_DEBUG= -g

PATH_LIB=/home/x_guazh/software/lib

BLAS_LIBS=$(PATH_LIB)/librefblas.a
LAPACK_LIBS=$(PATH_LIB)/liblapack.a
BLACS_LIBS=$(PATH_LIB)/blacsCinit_MPI-LINUX-0.a $(PATH_LIB)/blacs_MPI-LINUX-0.a $(PATH_LIB)/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a
SCALAPACK_LIBS=$(PATH_LIB)/libscalapack.a

#COMP_LIBS=dc_lapack.a # it it needed only if there is lack of LAPACK/BLAS
MPI_INTERFACE= libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE=.
FPPFLAGS_MPI=-DMPI

[ Last edited by zhangguangping on 2014-1-17 at 11:43 ]

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1樓 2014-01-16 05:58:25

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樂石||

木蟲 (正式寫手)

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2樓2014-01-16 08:03:57

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xiongxiong5712

新蟲 (小有名氣)

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蟲號(hào): 706467

先收藏了，guangping兄好勤奮啊，佩服佩服。另外借寶地想請教guangping兄和各位大俠們，用siesta做結(jié)構(gòu)優(yōu)化的時(shí)候有沒有用過MD.RelaxCellOnly T這個(gè)設(shè)置先只優(yōu)化晶胞參數(shù)？我現(xiàn)在在優(yōu)化一個(gè)六方晶系的晶體，其他人一般的做法是：先設(shè)置一系列晶格常數(shù)，計(jì)算總能量，找到總能量最低的晶格常數(shù)，然后固定晶胞，只優(yōu)化原子坐標(biāo)。我看見siesta手冊上有MD.RelaxCellOnly 這個(gè)參數(shù)，可以只優(yōu)化晶胞參數(shù)，所以就直接拿這個(gè)參數(shù)來優(yōu)化晶格常數(shù)和夾角，不知道這樣做可不可以？
下面是晶胞和坐標(biāo)一起優(yōu)化的設(shè)置：

使用gfortan，openmpi以及BLAS, BLACS, Lapack, Scalapack編譯SIESTA

結(jié)果是：
outcell: Cell vector modules (Ang) : 7.942596 7.942622 5.742192
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg): 90.0157 90.0139 120.0227

下面是只優(yōu)化晶胞參數(shù)的設(shè)置：

使用gfortan，openmpi以及BLAS, BLACS, Lapack, Scalapack編譯SIESTA-1

結(jié)果是：
outcell: Cell vector modules (Ang) : 7.931178 7.931178 5.750268
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg): 90.0000 90.0000 120.0000
請問一下這兩種方法哪種是正確的，哪種不正確呢？還請賜教，多謝了。

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3樓2014-01-16 10:05:45

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zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

引用回帖:

3樓: Originally posted by xiongxiong5712 at 2014-01-16 03:05:45
先收藏了，guangping兄好勤奮啊，佩服佩服。另外借寶地想請教guangping兄和各位大俠們，用siesta做結(jié)構(gòu)優(yōu)化的時(shí)候有沒有用過MD.RelaxCellOnly T這個(gè)設(shè)置先只優(yōu)化晶胞參數(shù)？我現(xiàn)在在優(yōu)化一個(gè)六方晶系的晶體，其他人一 ...

沒有研究過這個(gè)選項(xiàng)。等待高人指點(diǎn)！

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4樓2014-01-17 18:45:48

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wiseguy2008

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雖然都是openmpi的設(shè)置，但是為什么有些標(biāo)簽設(shè)置和樓主以前整理的pdf不一樣，例如FFLAGS，請問樓主這個(gè)有什么影響嗎

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5樓2014-02-22 14:37:56

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zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

引用回帖:

5樓: Originally posted by wiseguy2008 at 2014-02-22 07:37:56
雖然都是openmpi的設(shè)置，但是為什么有些標(biāo)簽設(shè)置和樓主以前整理的pdf不一樣，例如FFLAGS，請問樓主這個(gè)有什么影響嗎

不同的編譯器，優(yōu)化參數(shù)不同。

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6樓2014-02-22 19:04:45

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wiseguy2008

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如果機(jī)器是64位，那中間編譯過程有哪些需要修改

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7樓2014-02-25 20:12:07

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