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zhangguangping木蟲 (著名寫手)
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[資源]
使用gfortan，openmpi以及BLAS, BLACS, Lapack, Scalapack編譯SIESTA 已有1人參與
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1.編譯openmpi (http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/) (1) ./configure --prefix=/home/x_guazh/software/openmpi-1.6.5 CC=gcc CXX=g++ F77=gfortran FC=gfortran (3) make all install (4) 打開 ~/.bashrc 添加環(huán)境變量: export PATH=/home/x_guazh/software/openmpi-1.6.5/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH= /home/x_guazh/software/openmpi-1.6.5/lib: $LD_LIBRARY_PATH (5) source ~/.bashrc 2.編譯Lapack (http://www.netlib.org/lapack) (1) cp make.inc.example make.inc 然后編輯Makefile，找到lib選項，編輯為： lib: lapacklib blaslib lapackelib tmglib variants 這樣就把所有的東西都編譯出來，默認是不編譯blas的 (2) make 這樣在目錄下就會出來： liblapack.a, blaslib.a, lapackelib.a, tmglib.a 3.編譯BLACS (1) 下載MPIBLACS: http://www.netlib.org/blacs/mpiblacs.tgz 下載補�。�http://www.netlib.org/blacs/mpiblacs-patch03.tgz (2) tar -zxvf mpiblacs.tgz tar -zxvf mpiblacs-patch03.tgz (3) cd BLACS cp BMAKES/Bmake.MPI-LINUX ./Bmake.inc (4) vi Bmake.inc (參見：http://www.open-mpi.org/faq/?category=mpi-apps#blacs) # Section 1: BTOPdir = /home/x_guazh/software/BLACS COMMLIB = MPI # Ensure to use MPI for the communication layer COMMLIB = MPI # The MPIINCdir macro is used to link in mpif.h and # must contain the location of Open MPI's mpif.h. # The MPILIBdir and MPILIB macros are irrelevant # and should be left empty. MPIdir = /home/x_guazh/software/openmpi-1.6.5-gnu MPILIBdir = MPIINCdir = $(MPIdir)/include MPILIB = # Section 2: SYSINC = INTFACE = -Df77IsF2C SENDIS = BUFF = TRANSCOMM = -DUseMpi2 WHATMPI = SYSERRORS = # Section 3: # You may need to specify the full path to # mpif77 / mpicc if they aren't already in # your path. F77 = mpif77 F77LOADFLAGS = CC = mpicc CCLOADFLAGS = (4) make mpi 編譯完成后，在LIB下面出現(xiàn)： blacsCinit_MPI-LINUX-0.a blacsF77init_MPI-LINUX-0.a blacs_MPI-LINUX-0.a 4.編譯scalapack 參見：http://www.open-mpi.org/faq/?category=mpi-apps#scalapack (1) 下載：http://www.netlib.org/scalapack/scalapack-2.0.2.tgz (2) tar zxvf scalapack-2.0.2.tgz (3) cd scalapack-2.0.2 (4) cp SLmake.inc.example SLmake.inc (5) vi SLmake.inc 2.0.2版本的文件設(shè)置比較簡單 BLASLIB = /home/x_guazh/software/lapack-3.5.0/librefblas.a LAPACKLIB = /home/x_guazh/software/lapack-3.5.0/liblapack.a 5.編譯siesta 把上面得到的.a文件全部拷到一個文件中，方便使用，比如~/software/lib librefblas.a liblapack.a blacsCinit_MPI-LINUX-0.a blacs_MPI-LINUX-0.a blacsF77init_MPI-LINUX-0.a libscalapack.a part of arch.make: FFLAGS= -ftree-vectorize -O3 FFLAGS_DEBUG= -g PATH_LIB=/home/x_guazh/software/lib BLAS_LIBS=$(PATH_LIB)/librefblas.a LAPACK_LIBS=$(PATH_LIB)/liblapack.a BLACS_LIBS=$(PATH_LIB)/blacsCinit_MPI-LINUX-0.a $(PATH_LIB)/blacs_MPI-LINUX-0.a $(PATH_LIB)/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a SCALAPACK_LIBS=$(PATH_LIB)/libscalapack.a #COMP_LIBS=dc_lapack.a # it it needed only if there is lack of LAPACK/BLAS MPI_INTERFACE= libmpi_f90.a MPI_INCLUDE=. FPPFLAGS_MPI=-DMPI [ Last edited by zhangguangping on 2014-1-17 at 11:43 ] |
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2樓2014-01-16 08:03:57
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先收藏了，guangping兄好勤奮啊，佩服佩服。另外借寶地想請教guangping兄和各位大俠們，用siesta做結(jié)構(gòu)優(yōu)化的時候有沒有用過MD.RelaxCellOnly T這個設(shè)置先只優(yōu)化晶胞參數(shù)？我現(xiàn)在在優(yōu)化一個六方晶系的晶體，其他人一般的做法是：先設(shè)置一系列晶格常數(shù)，計算總能量，找到總能量最低的晶格常數(shù)，然后固定晶胞，只優(yōu)化原子坐標。我看見siesta手冊上有MD.RelaxCellOnly 這個參數(shù)，可以只優(yōu)化晶胞參數(shù)，所以就直接拿這個參數(shù)來優(yōu)化晶格常數(shù)和夾角，不知道這樣做可不可以？ 下面是晶胞和坐標一起優(yōu)化的設(shè)置： 結(jié)果是： outcell: Cell vector modules (Ang) : 7.942596 7.942622 5.742192 outcell: Cell angles (23,13,12) (deg): 90.0157 90.0139 120.0227 下面是只優(yōu)化晶胞參數(shù)的設(shè)置： 結(jié)果是： outcell: Cell vector modules (Ang) : 7.931178 7.931178 5.750268 outcell: Cell angles (23,13,12) (deg): 90.0000 90.0000 120.0000 請問一下這兩種方法哪種是正確的，哪種不正確呢？還請賜教，多謝了。 |
3樓2014-01-16 10:05:45
zhangguangping
木蟲 (著名寫手)
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4樓2014-01-17 18:45:48
5樓2014-02-22 14:37:56
zhangguangping
木蟲 (著名寫手)
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6樓2014-02-22 19:04:45
7樓2014-02-25 20:12:07
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