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29050801新蟲 (小有名氣)
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gaussian如何讓兩個(gè)分子逐漸靠近
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在好多文獻(xiàn)了看到研究小分子和大分子的包合作用的時(shí)候有用到gaussian設(shè)置大分子在一定空間結(jié)構(gòu)，小分子通過設(shè)置的坐標(biāo)漸漸靠近并逐步進(jìn)入大分子內(nèi)。 在進(jìn)入的過程中每移動(dòng)一定距離都會(huì)進(jìn)行分子結(jié)構(gòu)的優(yōu)化和小分子的旋轉(zhuǎn)。 但是，請問如何設(shè)置小分子逐漸靠近大分子呢？ 難道是小分子和大分子之間每一個(gè)位置關(guān)系，設(shè)置一個(gè)計(jì)算輸入文件，在單獨(dú)設(shè)置小分子的旋轉(zhuǎn)二面角盡心能量優(yōu)化。如果是這樣，那么小分子的旋轉(zhuǎn)是以什么為參考標(biāo)準(zhǔn)的呢？ 如果是通過一個(gè)輸入文件設(shè)置的，請問怎么設(shè)置的呢？ 看到文獻(xiàn)中有提到用dummy atom設(shè)置，但是通過redundant coordinate設(shè)置dummy atom的時(shí)候，gv提示不能設(shè)置dummy atom。別的就不知道怎么弄好了。 附上想要設(shè)置的分子的幾張圖片： [ Last edited by 29050801 on 2014-1-17 at 10:07 ] |
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5樓2014-01-18 08:25:14
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