 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 6 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1523 | 回復(fù): 5 | |||
[求助]
amber 加中性化離子遇的到問(wèn)題 已有2人參與
|
|
做amber官網(wǎng)的第一個(gè)練習(xí) 加中性化離子時(shí)，應(yīng)該是這樣： (5)加中性化離子： >addions dna1 Na+ 0 (0意味著中性化) 18 Na+ ions required to neutralize. Adding 18 counter ions to "dna1" using 1A grid Grid extends from solute vdw + 1.87 to 7.97 Resolution: 1.00 Angstrom. grid build: 0 sec (no solvent present) Calculating grid charges charges: 0 sec Placed Na+ in dna1 at (-0.73, 10.83, 18.51). Placed Na+ in dna1 at (6.27, -8.17, 18.51). Placed Na+ in dna1 at (10.27, 4.83, 11.51). Placed Na+ in dna1 at (-6.73, -8.17, 11.51). Placed Na+ in dna1 at (-5.73, 3.83, 13.51). Placed Na+ in dna1 at (-9.73, 3.83, 25.51). Placed Na+ in dna1 at (6.27, -8.17, 5.51). Placed Na+ in dna1 at (-5.73, 8.83, 1.51). Placed Na+ in dna1 at (11.27, 1.83, 25.51). Placed Na+ in dna1 at (-10.73, -4.17, 28.51). Placed Na+ in dna1 at (5.27, 3.83, 3.51). Placed Na+ in dna1 at (2.27, -6.17, 27.51). Placed Na+ in dna1 at (-10.73, -3.17, 8.51). Placed Na+ in dna1 at (6.27, 7.83, 15.51). Placed Na+ in dna1 at (10.27, -3.17, 8.51). Placed Na+ in dna1 at (-1.73, -12.17, 16.51). Placed Na+ in dna1 at (-9.73, 3.83, 4.51). Placed Na+ in dna1 at (-7.73, 8.83, 21.51). Done adding ions. 產(chǎn)生中性化的prmtop和inpcrd文件： >saveamberparm dnal ployAT_cio prmtop ployAT_cio.inpcrd 輸出：polyAT_cio.prmtop, polyAT_cio.inpcrd 最終的目的是建立帶有抗性離子的可溶的DNA文件，抗性已建立，接下來(lái)創(chuàng)建可溶性的文件，也就是加水。 我輸入 >saveamberparm dnal ployAT_cio prmtop ployAT_cio.inpcrd 后，產(chǎn)生如下問(wèn)題： > saveamberparm dnal ployAT_cio prmtop ployAT_cio.inpcrd saveAmberParm: Improper number of arguments! usage: saveAmberParm <unit> <topologyfile> <coordfile> > 而且沒(méi)有輸出 polyAT_cio.prmtop, polyAT_cio.inpcrd 文件 這是為什么？ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 amber |
» 猜你喜歡
321求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
東華理工大學(xué)化材專業(yè)26屆碩士博士申請(qǐng)
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
288求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
【考研調(diào)劑】化學(xué)專業(yè) 281分，一志愿四川大學(xué)，誠(chéng)心求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
能源材料化學(xué)課題組招收碩士研究生8-10名
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
0703化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
招收調(diào)劑碩士
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
271材料工程求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
材料專碩274一志愿陜西師范大學(xué)求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
一志愿武漢理工材料工程專碩調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- amber 加中性化離子遇到問(wèn)題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- ATRP除去銅離子過(guò)中性氧化鋁柱的淋洗劑選擇問(wèn)題
已經(jīng)有38人回復(fù)
- Amberjet 1500H陽(yáng)離子樹(shù)脂與Amberjet 1200H陽(yáng)離子樹(shù)脂有什么區(qū)別和聯(lián)系？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 請(qǐng)教ESI正離子下羧酸中性丟失CO2的機(jī)理
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 重金求助關(guān)于離子交換樹(shù)脂層析柱分離中性多糖的操作，先行謝謝各位
已經(jīng)有15人回復(fù)
- 【求助】做離子液體使用三氯化鋁使用時(shí)冒白煙，煙不溶于水，是中性的，求助！
已經(jīng)有9人回復(fù)
★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-02-12 16:39:55
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-02-12 16:39:55
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
2樓2014-01-22 21:37:07
3樓2014-01-23 10:01:20
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
4樓2014-01-23 11:37:37
5樓2014-01-24 09:58:20
請(qǐng)叫我呼呼呼
銅蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 3.7
- 散金: 84
- 紅花: 2
- 帖子: 87
- 在線: 85.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 4839401
- 注冊(cè): 2016-07-13
- 專業(yè): 化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)
6樓2017-10-17 21:25:11
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 lifeisall 的主題更新
| 6 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +3 | 申子申申 2026-03-19 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 287求調(diào)劑 +3 | 晨昏線與星海 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 281求調(diào)劑（0805） +9 | 煙汐憶海 2026-03-16 | 19/950 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑，英語(yǔ)六級(jí)551，有科研經(jīng)歷 +4 | 生物工程調(diào)劑 2026-03-16 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 材料專碩英一數(shù)二306 +5 | z1z2z3879 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 085700資源與環(huán)境308求調(diào)劑 +3 | 墨墨漠 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 收復(fù)試調(diào)劑生 +4 | 雨后秋荷 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 工科材料085601 279求調(diào)劑 +6 | 困于星晨 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +6 | 簡(jiǎn)單點(diǎn)0 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +5 | 大口吃飯 身體健 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +7 | 好運(yùn)連綿不絕 2026-03-12 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +8 | 一定有學(xué)上- 2026-03-14 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +4 | 小賈同學(xué)123 2026-03-15 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0854控制工程 359求調(diào)劑 可跨專業(yè) +3 | 626776879 2026-03-14 | 9/450 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)]
今年的國(guó)基金是打分制嗎？
 50+3
|
zhanghaozhu 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0856材料與化工301求調(diào)劑 +5 | 奕束光 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +3 | 小匕仔汁 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工 309分請(qǐng)求調(diào)劑 +7 | dtdxzxx 2026-03-12 | 8/400 |
|
|
|
[考博] 福州大學(xué)楊黃浩課題組招收2026年專業(yè)學(xué)位博士研究生，2026.03.20截止 +3 | Xiangyu_ou 2026-03-12 | 3/150 |
|