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[求助]
amber 加中性化離子遇的到問題 已有2人參與
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做amber官網(wǎng)的第一個(gè)練習(xí) 加中性化離子時(shí)，應(yīng)該是這樣： (5)加中性化離子： >addions dna1 Na+ 0 (0意味著中性化) 18 Na+ ions required to neutralize. Adding 18 counter ions to "dna1" using 1A grid Grid extends from solute vdw + 1.87 to 7.97 Resolution: 1.00 Angstrom. grid build: 0 sec (no solvent present) Calculating grid charges charges: 0 sec Placed Na+ in dna1 at (-0.73, 10.83, 18.51). Placed Na+ in dna1 at (6.27, -8.17, 18.51). Placed Na+ in dna1 at (10.27, 4.83, 11.51). Placed Na+ in dna1 at (-6.73, -8.17, 11.51). Placed Na+ in dna1 at (-5.73, 3.83, 13.51). Placed Na+ in dna1 at (-9.73, 3.83, 25.51). Placed Na+ in dna1 at (6.27, -8.17, 5.51). Placed Na+ in dna1 at (-5.73, 8.83, 1.51). Placed Na+ in dna1 at (11.27, 1.83, 25.51). Placed Na+ in dna1 at (-10.73, -4.17, 28.51). Placed Na+ in dna1 at (5.27, 3.83, 3.51). Placed Na+ in dna1 at (2.27, -6.17, 27.51). Placed Na+ in dna1 at (-10.73, -3.17, 8.51). Placed Na+ in dna1 at (6.27, 7.83, 15.51). Placed Na+ in dna1 at (10.27, -3.17, 8.51). Placed Na+ in dna1 at (-1.73, -12.17, 16.51). Placed Na+ in dna1 at (-9.73, 3.83, 4.51). Placed Na+ in dna1 at (-7.73, 8.83, 21.51). Done adding ions. 產(chǎn)生中性化的prmtop和inpcrd文件： >saveamberparm dnal ployAT_cio prmtop ployAT_cio.inpcrd 輸出：polyAT_cio.prmtop, polyAT_cio.inpcrd 最終的目的是建立帶有抗性離子的可溶的DNA文件，抗性已建立，接下來創(chuàng)建可溶性的文件，也就是加水。 我輸入 >saveamberparm dnal ployAT_cio prmtop ployAT_cio.inpcrd 后，產(chǎn)生如下問題： > saveamberparm dnal ployAT_cio prmtop ployAT_cio.inpcrd saveAmberParm: Improper number of arguments! usage: saveAmberParm <unit> <topologyfile> <coordfile> > 而且沒有輸出 polyAT_cio.prmtop, polyAT_cio.inpcrd 文件 這是為什么？ |
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2樓2014-01-22 21:37:07
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4樓2014-01-23 11:37:37
5樓2014-01-24 09:58:20
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